? 中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所2014碩士研究生入學(xué)考試 《生物信息學(xué)》考試大綱
本《生物信息學(xué)》考試大綱適用于中國(guó)科學(xué)院研究生院報(bào)考生物信息學(xué)專業(yè)的碩士研究生入學(xué)考試。生物信息學(xué)是一門研究生物和生物相關(guān)系統(tǒng)中信息內(nèi)容和信息流向的綜合性科學(xué)。它采用信息科學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、生物數(shù)學(xué)、比較生物學(xué)等學(xué)科的觀點(diǎn)和方法對(duì)生命的現(xiàn)象及其組成分子(核酸、蛋白質(zhì)等)進(jìn)行研究，主要研究生命中的本質(zhì)和規(guī)律，包括物質(zhì)組成、結(jié)構(gòu)功能、生命體的能量和信息交換傳遞等。通過(guò)對(duì)生物信息的計(jì)算處理，人們能從眾多分散的生物學(xué)觀測(cè)數(shù)據(jù)中獲得對(duì)生命運(yùn)行機(jī)制的詳細(xì)而系統(tǒng)的理解。
考試內(nèi)容
生物信息學(xué)概論和數(shù)據(jù)庫(kù)
序列數(shù)據(jù)的收集和存儲(chǔ)
基因組序列組裝和基因注釋
基因結(jié)構(gòu)元件識(shí)別和分析
雙序列與多序列比對(duì)
數(shù)據(jù)庫(kù)檢索算法
序列變異研究的算法與進(jìn)化分析
基因表達(dá)與調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
蛋白質(zhì)分類與結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
考試要求
了解生物信息學(xué)概念、研究方向、發(fā)展趨勢(shì)和重要事件，包括泛基因組和元基因組的概念，第一個(gè)全基因組序列和第一個(gè)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的產(chǎn)生等。
了解重要的生物信息中心和常用數(shù)據(jù)庫(kù)(包括DNA序列數(shù)據(jù)庫(kù)、基因組數(shù)據(jù)庫(kù)、蛋白質(zhì)序列及結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù))
了解不同類型序列數(shù)據(jù)的獲取方式，掌握常用的序列存儲(chǔ)格式及轉(zhuǎn)換方式。
掌握常用的序列聯(lián)配算法及軟件，了解打分矩陣及空位罰分算法。
理解多重序列比對(duì)與進(jìn)化分析的關(guān)系，掌握常用的漸進(jìn)算法及軟件。
掌握FASTA和BLAST系列算法。
理解進(jìn)化分析與親緣樹(shù)的關(guān)系，了解三種進(jìn)化分析算法(最大似然法、距離法和最大簡(jiǎn)約法)。
掌握開(kāi)放閱讀框的預(yù)測(cè)方法，理解重復(fù)序列對(duì)基因預(yù)測(cè)的影響，掌握微生物基因組的基因預(yù)測(cè)，理解真核生物基因預(yù)測(cè)與外顯子識(shí)別的關(guān)系，了解啟動(dòng)子預(yù)測(cè)與調(diào)控模式的關(guān)系，了解轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的概念及作用。
掌握蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的組成和層次，理解序列相似性與結(jié)構(gòu)相似性同蛋白質(zhì)分類之間的關(guān)系，掌握蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法，包括二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)。
了解原核生物與真核生物基因組分析的異同點(diǎn)，理解同源性識(shí)別與蛋白組分析，掌握基因組分析與進(jìn)化的關(guān)系，了解功能基因組的研究方法。
掌握轉(zhuǎn)錄組分析基本方法，理解基因表達(dá)差異分析及代謝網(wǎng)絡(luò)分析的算法和軟件。
主要參考書(shū)目
序號(hào) 書(shū)名 作者 出版社 備注
1生物信息學(xué)：序列與基因組分析(英文版)David W. Mount科學(xué)出版社
2生物信息學(xué)張陽(yáng)德科學(xué)出版社
3基因組IIIT.A.布朗
袁建剛(譯)科學(xué)出版社
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本《生物信息學(xué)》考試大綱適用于中國(guó)科學(xué)院研究生院報(bào)考生物信息學(xué)專業(yè)的碩士研究生入學(xué)考試。生物信息學(xué)是一門研究生物和生物相關(guān)系統(tǒng)中信息內(nèi)容和信息流向的綜合性科學(xué)。它采用信息科學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、生物數(shù)學(xué)、比較生物學(xué)等學(xué)科的觀點(diǎn)和方法對(duì)生命的現(xiàn)象及其組成分子(核酸、蛋白質(zhì)等)進(jìn)行研究，主要研究生命中的本質(zhì)和規(guī)律，包括物質(zhì)組成、結(jié)構(gòu)功能、生命體的能量和信息交換傳遞等。通過(guò)對(duì)生物信息的計(jì)算處理，人們能從眾多分散的生物學(xué)觀測(cè)數(shù)據(jù)中獲得對(duì)生命運(yùn)行機(jī)制的詳細(xì)而系統(tǒng)的理解。
考試內(nèi)容
生物信息學(xué)概論和數(shù)據(jù)庫(kù)
序列數(shù)據(jù)的收集和存儲(chǔ)
基因組序列組裝和基因注釋
基因結(jié)構(gòu)元件識(shí)別和分析
雙序列與多序列比對(duì)
數(shù)據(jù)庫(kù)檢索算法
序列變異研究的算法與進(jìn)化分析
基因表達(dá)與調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
蛋白質(zhì)分類與結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
考試要求
了解生物信息學(xué)概念、研究方向、發(fā)展趨勢(shì)和重要事件，包括泛基因組和元基因組的概念，第一個(gè)全基因組序列和第一個(gè)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的產(chǎn)生等。
了解重要的生物信息中心和常用數(shù)據(jù)庫(kù)(包括DNA序列數(shù)據(jù)庫(kù)、基因組數(shù)據(jù)庫(kù)、蛋白質(zhì)序列及結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù))
了解不同類型序列數(shù)據(jù)的獲取方式，掌握常用的序列存儲(chǔ)格式及轉(zhuǎn)換方式。
掌握常用的序列聯(lián)配算法及軟件，了解打分矩陣及空位罰分算法。
理解多重序列比對(duì)與進(jìn)化分析的關(guān)系，掌握常用的漸進(jìn)算法及軟件。
掌握FASTA和BLAST系列算法。
理解進(jìn)化分析與親緣樹(shù)的關(guān)系，了解三種進(jìn)化分析算法(最大似然法、距離法和最大簡(jiǎn)約法)。
掌握開(kāi)放閱讀框的預(yù)測(cè)方法，理解重復(fù)序列對(duì)基因預(yù)測(cè)的影響，掌握微生物基因組的基因預(yù)測(cè)，理解真核生物基因預(yù)測(cè)與外顯子識(shí)別的關(guān)系，了解啟動(dòng)子預(yù)測(cè)與調(diào)控模式的關(guān)系，了解轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的概念及作用。
掌握蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的組成和層次，理解序列相似性與結(jié)構(gòu)相似性同蛋白質(zhì)分類之間的關(guān)系，掌握蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法，包括二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)。
了解原核生物與真核生物基因組分析的異同點(diǎn)，理解同源性識(shí)別與蛋白組分析，掌握基因組分析與進(jìn)化的關(guān)系，了解功能基因組的研究方法。
掌握轉(zhuǎn)錄組分析基本方法，理解基因表達(dá)差異分析及代謝網(wǎng)絡(luò)分析的算法和軟件。
主要參考書(shū)目
序號(hào) 書(shū)名 作者 出版社 備注
1生物信息學(xué)：序列與基因組分析(英文版)David W. Mount科學(xué)出版社
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