伯爾尼大學創(chuàng)建歷史可以追溯到十六世紀早期建立的神學院，當時建校的目的是為宗教改革培養(yǎng)清教徒牧師。學校在建校時擁有3位教授，到十七世紀末擁有6位教授。到十八世紀學校在人文和神學領域一直處于統(tǒng)治地位。在啟蒙運動開始之初，建立起了法學和數學教育。1805年伯爾尼政府改革整個高等教育體系，學校從原先的神學院擴展為擁有四個系的大學院，至此學校不僅培養(yǎng)牧師同時為社會輸送律師和醫(yī)師(包括內科學和獸醫(yī)學)，其中哲學系(包括人文和自然科學)為其他三個系提供基礎教育。
伯爾尼大學下轄神學院，法學院，經濟與社會科學學院，醫(yī)學院，Vetsuisse動物學院，人文學院，人類科學學院，科學學院等八個學院。
伯爾尼大學提供本科、碩士和博士層次的高等教育，該校開設的專業(yè)豐富多彩，比如神學，工商管理學，法律，政治科學，社會學，醫(yī)學，藝術史，戲劇，考古學，東方文化研究，哲學，牙科學，宗教研究，地理學，物理學，生物學，化學與分子科學，統(tǒng)計學，體育等等。
本科專業(yè)
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院系 |
專業(yè) |
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神學、宗教研究 |
古天主教神學 新教神學 宗教學 |
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法律、犯罪學、刑事學 |
法律 |
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經濟學、工商管理和政治學 |
工商管理 政治經濟學 政治學 |
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社會科學、社會工作 |
教育學 人種學 地理學/人類地理學 心理學 宗教學 社會人類學 社會學 |
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語言、文學研究、通訊學、信息學 |
古典語言學 英語研究 法語研究 德語研究/德語文學/語言學 意大利研究 語言學 東方文化研究 斯拉夫語研究 西班牙語研究 |
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歷史、考古學 |
考古學 藝術史 歷史 |
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人文學科、藝術研究 |
藝術史 音樂研究 哲學 劇場研究/舞蹈研究 |
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科學、數學 |
生物化學(分子生物學) 化學(和分子科學) 地球科學 地理學/人類地理學 數學 物理學（/天文學） |
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計算機科學和電信學 |
計算機科學 |
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體育和人類運動科學 |
體育和體育科學 |
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教師資格 |
教育學 |
碩士課程
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院系 |
專業(yè) |
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神學、宗教研究 |
伊斯蘭/阿拉伯學(文學) 古天主教神學 新教神學 宗教學 |
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法律、犯罪學、刑事學 |
法律 |
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經濟學、工商管理和政治學 |
工商管理 政治經濟學 政治學 |
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醫(yī)學、制藥學、健康學 |
生物醫(yī)學工程 |
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社會科學、社會工作 |
跨國人類學 教育學 人種學 地理學/人類地理學 心理學 宗教學 社會人類學 社會學 |
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語言、文學研究、通訊學、信息學 |
中亞文化科學 古典語言學 英語研究 法語研究 普通（和比較）文學 德語研究/德語文學/語言學 伊斯蘭/阿拉伯學 (文學) 意大利研究 語言學 中亞研究 斯拉夫語研究 西班牙語研究 |
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歷史、考古學 |
考古學 藝術史 歐洲考古學 歷史 科學歷史和理論 |
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人文學科、藝術研究 |
藝術史 伊斯蘭/阿拉伯研究(和東方文學) 音樂研究 哲學 政治和經濟哲學 劇場研究/舞蹈研究 科學歷史和理論 |
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科學、數學 |
大氣或氣候科學 生物學 生物醫(yī)學工程 化學(和分子科學) 地球科學 生態(tài)學（和進化論） 地理學/人類地理學 數學 分子壽命科學 物理學（/天文學） 統(tǒng)計學 |
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計算機科學和電信學 |
計算機科學 |
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工程、建筑 |
生物醫(yī)學工程 |
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體育和人類運動科學 |
體育和體育科學 |
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教師資格 |
教育學 |