1、理論物理（博士、碩士）
主要研究方向：粒子物理理論、原子核物理理論、數(shù)學物理理論、粒子宇宙學理論，強子物理理論等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師11名，其中院士1名，碩士生導(dǎo)師多名。
2、粒子物理與原子核物理（博士、碩士）
主要研究方向：粒子物理實驗、探測器物理、高能物理計算、宇宙線物理、高能天體物理、核方法及其應(yīng)用、加速器物理、同步輻射技術(shù)及方法研究、新功能材料、納米材料及物性研究、X射線成像理論和方法、核醫(yī)學成像及應(yīng)用等。粒子物理承擔了多項國家自然科學基金項目和中國科學院重大項目，與美國、西歐、日本等各高能物理實驗室有密切的合作。高能物理所是國內(nèi)最先開展核技術(shù)應(yīng)用的單位之一，研究面廣，具有多種核分析方法互相配合的有利條件。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師45名，其中院士9名，碩士生導(dǎo)師多名。
3、凝聚態(tài)物理（博士、碩士）
主要研究方向：同步輻射技術(shù)及方法研究、核方法在物質(zhì)結(jié)構(gòu)研究中的應(yīng)用、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)及功能研究、新功能材料、納米材料的同步輻射研究、極端條件下的物性研究、X射線成像理論及方法等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師9名，碩士生導(dǎo)師多名。
4、光學（博士、碩士）
主要研究方向：同步輻射探測技術(shù)與束線光學，先進光源理論、技術(shù)和應(yīng)用，X射線成像理論及方法，同步輻射技術(shù)及應(yīng)用等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師2名，碩士生導(dǎo)師多名。
5、核技術(shù)及應(yīng)用（博士、碩士）
主要研究方向：加速器技術(shù)及其應(yīng)用（包括磁鐵與電源技術(shù)、高頻與微波技術(shù)、超高真空技術(shù)、加速器控制與束測技術(shù)、低溫超導(dǎo)技術(shù)、輻射防護技術(shù)等）、自由電子激光及應(yīng)用、輻照技術(shù)研究與應(yīng)用、核電子學與核探測技術(shù)、核醫(yī)學與影像技術(shù)、同步輻射實驗技術(shù)及應(yīng)用、精密機械工程等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師16名，碩士生導(dǎo)師多名。
6、計算機應(yīng)用技術(shù)（博士、碩士）
主要研究方向：大規(guī)模數(shù)據(jù)共享、數(shù)據(jù)處理環(huán)境及軟件、網(wǎng)格技術(shù)、網(wǎng)絡(luò)安全技術(shù)、計算機控制及應(yīng)用、高性能數(shù)據(jù)獲取技術(shù)等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師3名，碩士生導(dǎo)師多名。
7、生物無機化學（博士、碩士）
主要研究方向：納米化學與納米材料、納米生物效應(yīng)、環(huán)境健康與化學生物學、現(xiàn)代分析技術(shù)在生物無機化學中的應(yīng)用、微量元素化學、金屬組學等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師6名，碩士生導(dǎo)師多名。
8、無機化學（碩士）
主要研究方向：納米材料與生物效應(yīng)、環(huán)境與化學生物學、現(xiàn)代分析技術(shù)在生物環(huán)境中應(yīng)用等。
該專業(yè)點有碩士生導(dǎo)師多名。
注：本所培養(yǎng)碩博連讀研究生，優(yōu)秀碩士生可申請碩博連讀。
主要研究方向：粒子物理理論、原子核物理理論、數(shù)學物理理論、粒子宇宙學理論，強子物理理論等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師11名，其中院士1名，碩士生導(dǎo)師多名。
2、粒子物理與原子核物理（博士、碩士）
主要研究方向：粒子物理實驗、探測器物理、高能物理計算、宇宙線物理、高能天體物理、核方法及其應(yīng)用、加速器物理、同步輻射技術(shù)及方法研究、新功能材料、納米材料及物性研究、X射線成像理論和方法、核醫(yī)學成像及應(yīng)用等。粒子物理承擔了多項國家自然科學基金項目和中國科學院重大項目，與美國、西歐、日本等各高能物理實驗室有密切的合作。高能物理所是國內(nèi)最先開展核技術(shù)應(yīng)用的單位之一，研究面廣，具有多種核分析方法互相配合的有利條件。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師45名，其中院士9名，碩士生導(dǎo)師多名。
3、凝聚態(tài)物理（博士、碩士）
主要研究方向：同步輻射技術(shù)及方法研究、核方法在物質(zhì)結(jié)構(gòu)研究中的應(yīng)用、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)及功能研究、新功能材料、納米材料的同步輻射研究、極端條件下的物性研究、X射線成像理論及方法等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師9名，碩士生導(dǎo)師多名。
4、光學（博士、碩士）
主要研究方向：同步輻射探測技術(shù)與束線光學，先進光源理論、技術(shù)和應(yīng)用，X射線成像理論及方法，同步輻射技術(shù)及應(yīng)用等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師2名，碩士生導(dǎo)師多名。
5、核技術(shù)及應(yīng)用（博士、碩士）
主要研究方向：加速器技術(shù)及其應(yīng)用（包括磁鐵與電源技術(shù)、高頻與微波技術(shù)、超高真空技術(shù)、加速器控制與束測技術(shù)、低溫超導(dǎo)技術(shù)、輻射防護技術(shù)等）、自由電子激光及應(yīng)用、輻照技術(shù)研究與應(yīng)用、核電子學與核探測技術(shù)、核醫(yī)學與影像技術(shù)、同步輻射實驗技術(shù)及應(yīng)用、精密機械工程等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師16名，碩士生導(dǎo)師多名。
6、計算機應(yīng)用技術(shù)（博士、碩士）
主要研究方向：大規(guī)模數(shù)據(jù)共享、數(shù)據(jù)處理環(huán)境及軟件、網(wǎng)格技術(shù)、網(wǎng)絡(luò)安全技術(shù)、計算機控制及應(yīng)用、高性能數(shù)據(jù)獲取技術(shù)等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師3名，碩士生導(dǎo)師多名。
7、生物無機化學（博士、碩士）
主要研究方向：納米化學與納米材料、納米生物效應(yīng)、環(huán)境健康與化學生物學、現(xiàn)代分析技術(shù)在生物無機化學中的應(yīng)用、微量元素化學、金屬組學等。
該專業(yè)點有博士生導(dǎo)師6名，碩士生導(dǎo)師多名。
8、無機化學（碩士）
主要研究方向：納米材料與生物效應(yīng)、環(huán)境與化學生物學、現(xiàn)代分析技術(shù)在生物環(huán)境中應(yīng)用等。
該專業(yè)點有碩士生導(dǎo)師多名。
注：本所培養(yǎng)碩博連讀研究生，優(yōu)秀碩士生可申請碩博連讀。