商務審批加工貿易必須經(jīng)過商務主管部門審批才能進入海關備案的程序。分為兩種情況：
（1）由商務主管部門審批加工貿易合同加工貿易經(jīng)營企業(yè)在向海關辦理加工貿易合同備案手續(xù)或者申請設立電子手冊之前，先要到商務主管部門辦理合同審批手續(xù)。審批后，憑商務主管部門出具的“加工貿易業(yè)務批準證書”和“加工貿易經(jīng)營企業(yè)經(jīng)營狀況和生產能力證明”以及商務主管部門審批同意的加工貿易合同到海關備案。
（2）由商務主管部門審批加工貿易經(jīng)營范圍加工貿易經(jīng)營企業(yè)在向海關申請聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管和建立電子帳冊、電子手冊前先到商務主管部門辦理審批加工貿易經(jīng)營范圍的手續(xù)，由商務主管部門對加工貿易企業(yè)與海關聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管的申請作出前置審批，憑商務主管部門出具的“經(jīng)營范圍批準證書”和“加工貿易經(jīng)營企業(yè)經(jīng)營狀況和生產能力證明”到海關申請聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管并建立電子帳冊、電子手冊。
（1）由商務主管部門審批加工貿易合同加工貿易經(jīng)營企業(yè)在向海關辦理加工貿易合同備案手續(xù)或者申請設立電子手冊之前，先要到商務主管部門辦理合同審批手續(xù)。審批后，憑商務主管部門出具的“加工貿易業(yè)務批準證書”和“加工貿易經(jīng)營企業(yè)經(jīng)營狀況和生產能力證明”以及商務主管部門審批同意的加工貿易合同到海關備案。
（2）由商務主管部門審批加工貿易經(jīng)營范圍加工貿易經(jīng)營企業(yè)在向海關申請聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管和建立電子帳冊、電子手冊前先到商務主管部門辦理審批加工貿易經(jīng)營范圍的手續(xù)，由商務主管部門對加工貿易企業(yè)與海關聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管的申請作出前置審批，憑商務主管部門出具的“經(jīng)營范圍批準證書”和“加工貿易經(jīng)營企業(yè)經(jīng)營狀況和生產能力證明”到海關申請聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管并建立電子帳冊、電子手冊。