分兩種情況來處理：
第一種是，超過90天的增值稅發(fā)票經(jīng)過了認(rèn)證的處理；
第二種是，超過90天的增值說發(fā)票沒有認(rèn)證的處理。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國稅發(fā)[2006]156號）第二十六條的規(guī)定：“經(jīng)認(rèn)證，有下列情形之一的，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，稅務(wù)機關(guān)退還原件，購買方可要求銷售方重新開具專用發(fā)票。
（一）無法認(rèn)證
本規(guī)定所稱無法認(rèn)證，是指專用發(fā)票所列密文或者明文不能辨認(rèn)，無法產(chǎn)生認(rèn)證結(jié)果。
（二）納稅人識別號認(rèn)證不符
本規(guī)定所稱納稅人識別號認(rèn)證不符，是指專用發(fā)票所列購買方納稅人識別號有誤。
（三）專用發(fā)票代碼、號碼認(rèn)證不符
本規(guī)定所稱專用發(fā)票代碼、號碼認(rèn)證不符，是指專用發(fā)票所列密文解譯后與明文的代碼或者號碼不一致。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國稅發(fā)[2006]156號）的規(guī)定：
第十四條一般納稅人取得專用發(fā)票后，發(fā)生銷貨退回、開票有誤等情形但不符合作廢條件的，或者因銷貨部分退回及發(fā)生銷售折讓的，購買方應(yīng)向主管稅務(wù)機關(guān)填報《開具紅字增值稅專用發(fā)票申請單》， 《申請單》所對應(yīng)的藍字專用發(fā)票應(yīng)經(jīng)稅務(wù)機關(guān)認(rèn)證。
經(jīng)認(rèn)證結(jié)果為“認(rèn)證相符”并且已經(jīng)抵扣增值稅進項稅額的，一般納稅人在填報《申請單》時不填寫相對應(yīng)的藍字專用發(fā)票信息。
經(jīng)認(rèn)證結(jié)果為“納稅人識別號認(rèn)證不符”、“專用發(fā)票代碼、號碼認(rèn)證不符”的，一般納稅人在填報《申請單》時應(yīng)填寫相對應(yīng)的藍字專用發(fā)票信息。
第十五條《申請單》一式兩聯(lián)：第一聯(lián)由購買方留存；第二聯(lián)由購買方主管稅務(wù)機關(guān)留存?！渡暾垎巍窇?yīng)加蓋一般納稅人財務(wù)專用章。
第十六條
主管稅務(wù)機關(guān)對一般納稅人填報的《申請單》進行審核后，出具《開具紅字增值稅專用發(fā)票通知單》?！锻ㄖ獑巍窇?yīng)與《申請單》一一對應(yīng)。
第十七條《通知單》一式三聯(lián)：第一聯(lián)由購買方主管稅務(wù)機關(guān)留存；第二聯(lián)由購買方送交銷售方留存；第三聯(lián)由購買方留存?！锻ㄖ獑巍窇?yīng)加蓋主管稅務(wù)機關(guān)印章。
《通知單》應(yīng)按月依次裝訂成冊，并比照專用發(fā)票保管規(guī)定管理。
第十八條
購買方必須暫依《通知單》所列增值稅稅額從當(dāng)期進項稅額中轉(zhuǎn)出，未抵扣增值稅進項稅額的可列入當(dāng)期進項稅額，待取得銷售方開具的紅字專用發(fā)票后，與留存的《通知單》一并作為記賬憑證。屬于本規(guī)定第十四條第四款所列情形的，不作進項稅額轉(zhuǎn)出。
第十九條銷售方憑購買方提供的《通知單》開具紅字專用發(fā)票，在防偽稅控系統(tǒng)中以銷項負數(shù)開具。紅字專用發(fā)票應(yīng)與《通知單》一一對應(yīng)。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅一般納稅人取得防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票進項稅額抵扣問題的通知（國稅發(fā)[2003]17號）》規(guī)定：一、增值稅一般納稅人申請抵扣的防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票，必須自該專用發(fā)票開具之日起90日內(nèi)到稅務(wù)機關(guān)認(rèn)證，否則不予抵扣進項稅額。二、增值稅一般納稅人認(rèn)證通過的防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票，應(yīng)在認(rèn)證通過的當(dāng)月按照增值稅有關(guān)規(guī)定核算當(dāng)期進項稅額并申報抵扣，否則不予抵扣進項稅額。根據(jù)根據(jù)國稅函[2003]962號文件規(guī)定：
增值稅一般納稅人發(fā)生銷售貨物、提供應(yīng)稅勞務(wù)開具增值稅專用發(fā)票后，如發(fā)生銷貨退回、銷售折讓以及原藍字專用發(fā)票填開錯誤等情況，視不同情況分別按以下辦法處理（一）銷貨方如果在開具藍字專用發(fā)票的當(dāng)月收到購貨方退回的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，而且尚未將記帳聯(lián)作帳務(wù)處理，可對原藍字專用發(fā)票進行作廢。即在發(fā)票聯(lián)、抵扣聯(lián)連同對應(yīng)的存根聯(lián)、記帳聯(lián)上注明“作廢”字樣，并依次粘貼在存根聯(lián)后面，同時對防偽稅控開票子系統(tǒng)的原開票電子信息進行作廢處理。如果銷貨方已將記帳聯(lián)作帳務(wù)處理，則必須通過防偽稅控系統(tǒng)開具負數(shù)專用發(fā)票作為扣減銷項稅額的憑證，不得作廢已開具的藍字專用發(fā)票，也不得以紅字普通發(fā)票作為扣減銷項稅額的憑證。根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于進一步做好增值稅納稅申報“一窗式”管理工作的通知》文號：國稅函［2003］962號增值稅一般納稅人發(fā)生銷售貨物、提供應(yīng)稅勞務(wù)開具增值稅專用發(fā)票后，如發(fā)生銷貨退回、銷售折讓以及原藍字專用發(fā)票填開錯誤等情況，銷貨方如果在開具藍字專用發(fā)票的次月及以后收到購貨方退回的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，不論是否已將記帳聯(lián)作帳務(wù)處理，一律通過防偽稅控系統(tǒng)開具負數(shù)專用發(fā)票扣減銷項稅額的憑證，不得作廢已開具的藍字專用發(fā)票，也不得以紅字普通發(fā)票作為扣減銷項稅額的憑證。（二）因購貨方無法退回專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，銷貨方收到購貨方當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機關(guān)開具的《進貨退出或索取折讓證明單》的，一律通過防偽稅控系統(tǒng)開具負數(shù)專用發(fā)票作為扣減銷項稅額的憑證，不得作廢已開具的藍字專用發(fā)票，也不得以紅字普通發(fā)票作為扣減銷項稅額的憑證。
因此，通過以上分析，可以得出以下結(jié)論：
（一）如果超過90天的增值稅發(fā)票經(jīng)過認(rèn)證（在90天的有效期內(nèi)的某天進行認(rèn)證的，90天后還沒有去處理），認(rèn)證結(jié)果出現(xiàn)了上面所說的三種情形：無法認(rèn)證，納稅人識別號認(rèn)證不符，專用發(fā)票代碼、號碼認(rèn)證不符，稅務(wù)機關(guān)退還原件，則該張專用發(fā)票不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，購買方可要求銷售方重新開具專用發(fā)票。
（二）如果超過90天的增值稅發(fā)票未經(jīng)過認(rèn)證，則該張專用發(fā)票超過90天認(rèn)證期限，不能退回銷售方，要求銷售方開具紅字發(fā)票。
第一種是，超過90天的增值稅發(fā)票經(jīng)過了認(rèn)證的處理；
第二種是，超過90天的增值說發(fā)票沒有認(rèn)證的處理。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國稅發(fā)[2006]156號）第二十六條的規(guī)定：“經(jīng)認(rèn)證，有下列情形之一的，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，稅務(wù)機關(guān)退還原件，購買方可要求銷售方重新開具專用發(fā)票。
（一）無法認(rèn)證
本規(guī)定所稱無法認(rèn)證，是指專用發(fā)票所列密文或者明文不能辨認(rèn)，無法產(chǎn)生認(rèn)證結(jié)果。
（二）納稅人識別號認(rèn)證不符
本規(guī)定所稱納稅人識別號認(rèn)證不符，是指專用發(fā)票所列購買方納稅人識別號有誤。
（三）專用發(fā)票代碼、號碼認(rèn)證不符
本規(guī)定所稱專用發(fā)票代碼、號碼認(rèn)證不符，是指專用發(fā)票所列密文解譯后與明文的代碼或者號碼不一致。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國稅發(fā)[2006]156號）的規(guī)定：
第十四條一般納稅人取得專用發(fā)票后，發(fā)生銷貨退回、開票有誤等情形但不符合作廢條件的，或者因銷貨部分退回及發(fā)生銷售折讓的，購買方應(yīng)向主管稅務(wù)機關(guān)填報《開具紅字增值稅專用發(fā)票申請單》， 《申請單》所對應(yīng)的藍字專用發(fā)票應(yīng)經(jīng)稅務(wù)機關(guān)認(rèn)證。
經(jīng)認(rèn)證結(jié)果為“認(rèn)證相符”并且已經(jīng)抵扣增值稅進項稅額的，一般納稅人在填報《申請單》時不填寫相對應(yīng)的藍字專用發(fā)票信息。
經(jīng)認(rèn)證結(jié)果為“納稅人識別號認(rèn)證不符”、“專用發(fā)票代碼、號碼認(rèn)證不符”的，一般納稅人在填報《申請單》時應(yīng)填寫相對應(yīng)的藍字專用發(fā)票信息。
第十五條《申請單》一式兩聯(lián)：第一聯(lián)由購買方留存；第二聯(lián)由購買方主管稅務(wù)機關(guān)留存?！渡暾垎巍窇?yīng)加蓋一般納稅人財務(wù)專用章。
第十六條
主管稅務(wù)機關(guān)對一般納稅人填報的《申請單》進行審核后，出具《開具紅字增值稅專用發(fā)票通知單》?！锻ㄖ獑巍窇?yīng)與《申請單》一一對應(yīng)。
第十七條《通知單》一式三聯(lián)：第一聯(lián)由購買方主管稅務(wù)機關(guān)留存；第二聯(lián)由購買方送交銷售方留存；第三聯(lián)由購買方留存?！锻ㄖ獑巍窇?yīng)加蓋主管稅務(wù)機關(guān)印章。
《通知單》應(yīng)按月依次裝訂成冊，并比照專用發(fā)票保管規(guī)定管理。
第十八條
購買方必須暫依《通知單》所列增值稅稅額從當(dāng)期進項稅額中轉(zhuǎn)出，未抵扣增值稅進項稅額的可列入當(dāng)期進項稅額，待取得銷售方開具的紅字專用發(fā)票后，與留存的《通知單》一并作為記賬憑證。屬于本規(guī)定第十四條第四款所列情形的，不作進項稅額轉(zhuǎn)出。
第十九條銷售方憑購買方提供的《通知單》開具紅字專用發(fā)票，在防偽稅控系統(tǒng)中以銷項負數(shù)開具。紅字專用發(fā)票應(yīng)與《通知單》一一對應(yīng)。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅一般納稅人取得防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票進項稅額抵扣問題的通知（國稅發(fā)[2003]17號）》規(guī)定：一、增值稅一般納稅人申請抵扣的防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票，必須自該專用發(fā)票開具之日起90日內(nèi)到稅務(wù)機關(guān)認(rèn)證，否則不予抵扣進項稅額。二、增值稅一般納稅人認(rèn)證通過的防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票，應(yīng)在認(rèn)證通過的當(dāng)月按照增值稅有關(guān)規(guī)定核算當(dāng)期進項稅額并申報抵扣，否則不予抵扣進項稅額。根據(jù)根據(jù)國稅函[2003]962號文件規(guī)定：
增值稅一般納稅人發(fā)生銷售貨物、提供應(yīng)稅勞務(wù)開具增值稅專用發(fā)票后，如發(fā)生銷貨退回、銷售折讓以及原藍字專用發(fā)票填開錯誤等情況，視不同情況分別按以下辦法處理（一）銷貨方如果在開具藍字專用發(fā)票的當(dāng)月收到購貨方退回的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，而且尚未將記帳聯(lián)作帳務(wù)處理，可對原藍字專用發(fā)票進行作廢。即在發(fā)票聯(lián)、抵扣聯(lián)連同對應(yīng)的存根聯(lián)、記帳聯(lián)上注明“作廢”字樣，并依次粘貼在存根聯(lián)后面，同時對防偽稅控開票子系統(tǒng)的原開票電子信息進行作廢處理。如果銷貨方已將記帳聯(lián)作帳務(wù)處理，則必須通過防偽稅控系統(tǒng)開具負數(shù)專用發(fā)票作為扣減銷項稅額的憑證，不得作廢已開具的藍字專用發(fā)票，也不得以紅字普通發(fā)票作為扣減銷項稅額的憑證。根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于進一步做好增值稅納稅申報“一窗式”管理工作的通知》文號：國稅函［2003］962號增值稅一般納稅人發(fā)生銷售貨物、提供應(yīng)稅勞務(wù)開具增值稅專用發(fā)票后，如發(fā)生銷貨退回、銷售折讓以及原藍字專用發(fā)票填開錯誤等情況，銷貨方如果在開具藍字專用發(fā)票的次月及以后收到購貨方退回的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，不論是否已將記帳聯(lián)作帳務(wù)處理，一律通過防偽稅控系統(tǒng)開具負數(shù)專用發(fā)票扣減銷項稅額的憑證，不得作廢已開具的藍字專用發(fā)票，也不得以紅字普通發(fā)票作為扣減銷項稅額的憑證。（二）因購貨方無法退回專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，銷貨方收到購貨方當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機關(guān)開具的《進貨退出或索取折讓證明單》的，一律通過防偽稅控系統(tǒng)開具負數(shù)專用發(fā)票作為扣減銷項稅額的憑證，不得作廢已開具的藍字專用發(fā)票，也不得以紅字普通發(fā)票作為扣減銷項稅額的憑證。
因此，通過以上分析，可以得出以下結(jié)論：
（一）如果超過90天的增值稅發(fā)票經(jīng)過認(rèn)證（在90天的有效期內(nèi)的某天進行認(rèn)證的，90天后還沒有去處理），認(rèn)證結(jié)果出現(xiàn)了上面所說的三種情形：無法認(rèn)證，納稅人識別號認(rèn)證不符，專用發(fā)票代碼、號碼認(rèn)證不符，稅務(wù)機關(guān)退還原件，則該張專用發(fā)票不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，購買方可要求銷售方重新開具專用發(fā)票。
（二）如果超過90天的增值稅發(fā)票未經(jīng)過認(rèn)證，則該張專用發(fā)票超過90天認(rèn)證期限，不能退回銷售方，要求銷售方開具紅字發(fā)票。