針對20世紀(jì)90年代初出讓的土地，《城鎮(zhèn)國有土地使用權(quán)出讓和轉(zhuǎn)讓暫行條例》(國務(wù)院55號令)規(guī)定了使用年期屆滿時的兩種情形：使用者未申請續(xù)期或申請續(xù)期使用土地未獲批準(zhǔn)，國家無償收回土地使用權(quán)，同時無償收回地上建筑物及附著物所有權(quán)，使用者不再使用土地；使用者申請續(xù)期使用土地獲得批準(zhǔn)，簽訂土地出讓合同，支付土地出讓金后使用者繼續(xù)使用土地。
出讓土地到期后的第一種情形
依據(jù)國務(wù)院55號令規(guī)定和土地出讓合同的約定，國家在無償收回土地使用權(quán)的同時無償收回地上建筑物及附著物所有權(quán)。出于對建筑物所有權(quán)的保護，1995年實施的《城市房地產(chǎn)管理法》并未規(guī)定無償收回地上建筑物、附著物。國土資源部新修訂的國有土地出讓合同文本對申請續(xù)期未獲批準(zhǔn)的情形增加了“對于地上建筑物及其他附著物，出讓人應(yīng)當(dāng)根據(jù)收回時地上建筑物、其他附著物的殘余價值給予受讓人相應(yīng)補償”的約定，但對于未申請續(xù)期的情形，新合同仍舊規(guī)定了對土地使用權(quán)和地上建筑物、附著物一并無償收回。
依據(jù)適用法律原則，20世紀(jì)90年代初出讓的土地當(dāng)然應(yīng)當(dāng)執(zhí)行國務(wù)院55號令有關(guān)土地使用年期屆滿的規(guī)定，即在無償收回土地使用權(quán)的同時無償收回地上建筑物、附著物。但是，出讓土地特別是使用年限較短的出讓土地到期時地上建筑物殘余價值往往較大，如果將地上建筑物無償收回，勢必造成以下問題：
一是不能很好地保護地上建筑物產(chǎn)權(quán)人的合法財產(chǎn)所有權(quán)，無法體現(xiàn)剛修訂的《憲法》中關(guān)于保護公民、法人合法財產(chǎn)的立法精神。地上建筑物的所有權(quán)實質(zhì)變成了只具有一定使用年限的使用權(quán)。
二是使大量到期出讓土地又重新回到原使用者手中。地上建筑物無償收回必然造成土地使用者的財產(chǎn)損失，同時法律規(guī)定，除非社會公共利益需要，對申請續(xù)期使用土地應(yīng)當(dāng)批準(zhǔn)。這勢必促使很多本不想再申請續(xù)期的使用者通過申請續(xù)期重新獲得土地使用權(quán)，然后再通過土地轉(zhuǎn)讓的方式來避免地上建筑物的財產(chǎn)損失。
這樣，一方面必然影響當(dāng)前的土地收購儲備和土地的招拍掛出讓，不利于加強對土地供應(yīng)的宏觀調(diào)控；另一方面，由于到期的出讓土地大多處于城鎮(zhèn)中心地帶，土地增值較大，原使用者以協(xié)議出讓方式獲得土地，而后又按市場行情轉(zhuǎn)讓，會造成大量國有土地增值收益流向單位、個人手中。
出讓土地到期后的第二種情形
對第二種情形，國務(wù)院55號令、《城市房地產(chǎn)管理法》以及國土資源部新修訂的土地出讓合同文本的規(guī)定都是一致的，即重新簽訂土地出讓合同，支付土地出讓金。20世紀(jì)90年代初各地進行土地出讓時，土地使用者除支付土地出讓金外，還支付土地補償、拆遷費及其他有關(guān)稅費。當(dāng)時，土地出讓金一般只占到使用者支付土地總費用的25％左右。如今大多地方都實行統(tǒng)一征地收購、儲備、開發(fā)，而后統(tǒng)一出讓的土地集中供應(yīng)模式，土地使用者將所有費用即全部地價款以土地出讓金的形式支付給國家。
2003年6月的國土資源部21號令規(guī)定，協(xié)議出讓國有土地使用權(quán)時土地出讓金不得低于按國家規(guī)定的，協(xié)議出讓不得低于新增建設(shè)用地有償使用費、征地拆遷補償費用以及按國家規(guī)定應(yīng)當(dāng)繳納的有關(guān)稅費之和，有基準(zhǔn)地價的不低于基準(zhǔn)地價的70％。
出讓土地到期后的第一種情形
依據(jù)國務(wù)院55號令規(guī)定和土地出讓合同的約定，國家在無償收回土地使用權(quán)的同時無償收回地上建筑物及附著物所有權(quán)。出于對建筑物所有權(quán)的保護，1995年實施的《城市房地產(chǎn)管理法》并未規(guī)定無償收回地上建筑物、附著物。國土資源部新修訂的國有土地出讓合同文本對申請續(xù)期未獲批準(zhǔn)的情形增加了“對于地上建筑物及其他附著物，出讓人應(yīng)當(dāng)根據(jù)收回時地上建筑物、其他附著物的殘余價值給予受讓人相應(yīng)補償”的約定，但對于未申請續(xù)期的情形，新合同仍舊規(guī)定了對土地使用權(quán)和地上建筑物、附著物一并無償收回。
依據(jù)適用法律原則，20世紀(jì)90年代初出讓的土地當(dāng)然應(yīng)當(dāng)執(zhí)行國務(wù)院55號令有關(guān)土地使用年期屆滿的規(guī)定，即在無償收回土地使用權(quán)的同時無償收回地上建筑物、附著物。但是，出讓土地特別是使用年限較短的出讓土地到期時地上建筑物殘余價值往往較大，如果將地上建筑物無償收回，勢必造成以下問題：
一是不能很好地保護地上建筑物產(chǎn)權(quán)人的合法財產(chǎn)所有權(quán)，無法體現(xiàn)剛修訂的《憲法》中關(guān)于保護公民、法人合法財產(chǎn)的立法精神。地上建筑物的所有權(quán)實質(zhì)變成了只具有一定使用年限的使用權(quán)。
二是使大量到期出讓土地又重新回到原使用者手中。地上建筑物無償收回必然造成土地使用者的財產(chǎn)損失，同時法律規(guī)定，除非社會公共利益需要，對申請續(xù)期使用土地應(yīng)當(dāng)批準(zhǔn)。這勢必促使很多本不想再申請續(xù)期的使用者通過申請續(xù)期重新獲得土地使用權(quán)，然后再通過土地轉(zhuǎn)讓的方式來避免地上建筑物的財產(chǎn)損失。
這樣，一方面必然影響當(dāng)前的土地收購儲備和土地的招拍掛出讓，不利于加強對土地供應(yīng)的宏觀調(diào)控；另一方面，由于到期的出讓土地大多處于城鎮(zhèn)中心地帶，土地增值較大，原使用者以協(xié)議出讓方式獲得土地，而后又按市場行情轉(zhuǎn)讓，會造成大量國有土地增值收益流向單位、個人手中。
出讓土地到期后的第二種情形
對第二種情形，國務(wù)院55號令、《城市房地產(chǎn)管理法》以及國土資源部新修訂的土地出讓合同文本的規(guī)定都是一致的，即重新簽訂土地出讓合同，支付土地出讓金。20世紀(jì)90年代初各地進行土地出讓時，土地使用者除支付土地出讓金外，還支付土地補償、拆遷費及其他有關(guān)稅費。當(dāng)時，土地出讓金一般只占到使用者支付土地總費用的25％左右。如今大多地方都實行統(tǒng)一征地收購、儲備、開發(fā)，而后統(tǒng)一出讓的土地集中供應(yīng)模式，土地使用者將所有費用即全部地價款以土地出讓金的形式支付給國家。
2003年6月的國土資源部21號令規(guī)定，協(xié)議出讓國有土地使用權(quán)時土地出讓金不得低于按國家規(guī)定的，協(xié)議出讓不得低于新增建設(shè)用地有償使用費、征地拆遷補償費用以及按國家規(guī)定應(yīng)當(dāng)繳納的有關(guān)稅費之和，有基準(zhǔn)地價的不低于基準(zhǔn)地價的70％。