分兩種情況來(lái)處理：
第一種是，超過(guò)90天的增值稅發(fā)票經(jīng)過(guò)了認(rèn)證的處理；
第二種是，超過(guò)90天的增值說(shuō)發(fā)票沒(méi)有認(rèn)證的處理。
根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專(zhuān)用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國(guó)稅發(fā)[2006]156號(hào)）第二十六條的規(guī)定：“經(jīng)認(rèn)證，有下列情形之一的，不得作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證，稅務(wù)機(jī)關(guān)退還原件，購(gòu)買(mǎi)方可要求銷(xiāo)售方重新開(kāi)具專(zhuān)用發(fā)票。
（一）無(wú)法認(rèn)證
本規(guī)定所稱(chēng)無(wú)法認(rèn)證，是指專(zhuān)用發(fā)票所列密文或者明文不能辨認(rèn)，無(wú)法產(chǎn)生認(rèn)證結(jié)果。
（二）納稅人識(shí)別號(hào)認(rèn)證不符
本規(guī)定所稱(chēng)納稅人識(shí)別號(hào)認(rèn)證不符，是指專(zhuān)用發(fā)票所列購(gòu)買(mǎi)方納稅人識(shí)別號(hào)有誤。
（三）專(zhuān)用發(fā)票代碼、號(hào)碼認(rèn)證不符
本規(guī)定所稱(chēng)專(zhuān)用發(fā)票代碼、號(hào)碼認(rèn)證不符，是指專(zhuān)用發(fā)票所列密文解譯后與明文的代碼或者號(hào)碼不一致。
根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專(zhuān)用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國(guó)稅發(fā)[2006]156號(hào)）的規(guī)定：
第十四條一般納稅人取得專(zhuān)用發(fā)票后，發(fā)生銷(xiāo)貨退回、開(kāi)票有誤等情形但不符合作廢條件的，或者因銷(xiāo)貨部分退回及發(fā)生銷(xiāo)售折讓的，購(gòu)買(mǎi)方應(yīng)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)填報(bào)《開(kāi)具紅字增值稅專(zhuān)用發(fā)票申請(qǐng)單》， 《申請(qǐng)單》所對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票應(yīng)經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證。
經(jīng)認(rèn)證結(jié)果為“認(rèn)證相符”并且已經(jīng)抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的，一般納稅人在填報(bào)《申請(qǐng)單》時(shí)不填寫(xiě)相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票信息。
經(jīng)認(rèn)證結(jié)果為“納稅人識(shí)別號(hào)認(rèn)證不符”、“專(zhuān)用發(fā)票代碼、號(hào)碼認(rèn)證不符”的，一般納稅人在填報(bào)《申請(qǐng)單》時(shí)應(yīng)填寫(xiě)相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票信息。
第十五條《申請(qǐng)單》一式兩聯(lián)：第一聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方留存；第二聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)留存?！渡暾?qǐng)單》應(yīng)加蓋一般納稅人財(cái)務(wù)專(zhuān)用章。
第十六條
主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)一般納稅人填報(bào)的《申請(qǐng)單》進(jìn)行審核后，出具《開(kāi)具紅字增值稅專(zhuān)用發(fā)票通知單》?！锻ㄖ獑巍窇?yīng)與《申請(qǐng)單》一一對(duì)應(yīng)。
第十七條《通知單》一式三聯(lián)：第一聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)留存；第二聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方送交銷(xiāo)售方留存；第三聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方留存?！锻ㄖ獑巍窇?yīng)加蓋主管稅務(wù)機(jī)關(guān)印章。
《通知單》應(yīng)按月依次裝訂成冊(cè)，并比照專(zhuān)用發(fā)票保管規(guī)定管理。
第十八條
購(gòu)買(mǎi)方必須暫依《通知單》所列增值稅稅額從當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額中轉(zhuǎn)出，未抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的可列入當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額，待取得銷(xiāo)售方開(kāi)具的紅字專(zhuān)用發(fā)票后，與留存的《通知單》一并作為記賬憑證。屬于本規(guī)定第十四條第四款所列情形的，不作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出。
第十九條銷(xiāo)售方憑購(gòu)買(mǎi)方提供的《通知單》開(kāi)具紅字專(zhuān)用發(fā)票，在防偽稅控系統(tǒng)中以銷(xiāo)項(xiàng)負(fù)數(shù)開(kāi)具。紅字專(zhuān)用發(fā)票應(yīng)與《通知單》一一對(duì)應(yīng)。
第一種是，超過(guò)90天的增值稅發(fā)票經(jīng)過(guò)了認(rèn)證的處理；
第二種是，超過(guò)90天的增值說(shuō)發(fā)票沒(méi)有認(rèn)證的處理。
根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專(zhuān)用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國(guó)稅發(fā)[2006]156號(hào)）第二十六條的規(guī)定：“經(jīng)認(rèn)證，有下列情形之一的，不得作為增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的抵扣憑證，稅務(wù)機(jī)關(guān)退還原件，購(gòu)買(mǎi)方可要求銷(xiāo)售方重新開(kāi)具專(zhuān)用發(fā)票。
（一）無(wú)法認(rèn)證
本規(guī)定所稱(chēng)無(wú)法認(rèn)證，是指專(zhuān)用發(fā)票所列密文或者明文不能辨認(rèn)，無(wú)法產(chǎn)生認(rèn)證結(jié)果。
（二）納稅人識(shí)別號(hào)認(rèn)證不符
本規(guī)定所稱(chēng)納稅人識(shí)別號(hào)認(rèn)證不符，是指專(zhuān)用發(fā)票所列購(gòu)買(mǎi)方納稅人識(shí)別號(hào)有誤。
（三）專(zhuān)用發(fā)票代碼、號(hào)碼認(rèn)證不符
本規(guī)定所稱(chēng)專(zhuān)用發(fā)票代碼、號(hào)碼認(rèn)證不符，是指專(zhuān)用發(fā)票所列密文解譯后與明文的代碼或者號(hào)碼不一致。
根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于修訂〈增值稅專(zhuān)用發(fā)票使用規(guī)定〉的通知》（國(guó)稅發(fā)[2006]156號(hào)）的規(guī)定：
第十四條一般納稅人取得專(zhuān)用發(fā)票后，發(fā)生銷(xiāo)貨退回、開(kāi)票有誤等情形但不符合作廢條件的，或者因銷(xiāo)貨部分退回及發(fā)生銷(xiāo)售折讓的，購(gòu)買(mǎi)方應(yīng)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)填報(bào)《開(kāi)具紅字增值稅專(zhuān)用發(fā)票申請(qǐng)單》， 《申請(qǐng)單》所對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票應(yīng)經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)證。
經(jīng)認(rèn)證結(jié)果為“認(rèn)證相符”并且已經(jīng)抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的，一般納稅人在填報(bào)《申請(qǐng)單》時(shí)不填寫(xiě)相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票信息。
經(jīng)認(rèn)證結(jié)果為“納稅人識(shí)別號(hào)認(rèn)證不符”、“專(zhuān)用發(fā)票代碼、號(hào)碼認(rèn)證不符”的，一般納稅人在填報(bào)《申請(qǐng)單》時(shí)應(yīng)填寫(xiě)相對(duì)應(yīng)的藍(lán)字專(zhuān)用發(fā)票信息。
第十五條《申請(qǐng)單》一式兩聯(lián)：第一聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方留存；第二聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)留存?！渡暾?qǐng)單》應(yīng)加蓋一般納稅人財(cái)務(wù)專(zhuān)用章。
第十六條
主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)一般納稅人填報(bào)的《申請(qǐng)單》進(jìn)行審核后，出具《開(kāi)具紅字增值稅專(zhuān)用發(fā)票通知單》?！锻ㄖ獑巍窇?yīng)與《申請(qǐng)單》一一對(duì)應(yīng)。
第十七條《通知單》一式三聯(lián)：第一聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)留存；第二聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方送交銷(xiāo)售方留存；第三聯(lián)由購(gòu)買(mǎi)方留存?！锻ㄖ獑巍窇?yīng)加蓋主管稅務(wù)機(jī)關(guān)印章。
《通知單》應(yīng)按月依次裝訂成冊(cè)，并比照專(zhuān)用發(fā)票保管規(guī)定管理。
第十八條
購(gòu)買(mǎi)方必須暫依《通知單》所列增值稅稅額從當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額中轉(zhuǎn)出，未抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的可列入當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額，待取得銷(xiāo)售方開(kāi)具的紅字專(zhuān)用發(fā)票后，與留存的《通知單》一并作為記賬憑證。屬于本規(guī)定第十四條第四款所列情形的，不作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出。
第十九條銷(xiāo)售方憑購(gòu)買(mǎi)方提供的《通知單》開(kāi)具紅字專(zhuān)用發(fā)票，在防偽稅控系統(tǒng)中以銷(xiāo)項(xiàng)負(fù)數(shù)開(kāi)具。紅字專(zhuān)用發(fā)票應(yīng)與《通知單》一一對(duì)應(yīng)。