行政許可法對行政機關實施行政許可的原則和制度作出了一系列規(guī)定，如實施行政許可，應當遵循公開、公平、公正的原則、便民的原則和信賴保護的原則；公民、法人和其他組織對行政機關實施行政許可，享有陳述權(quán)、申辯權(quán)；以及實施行政許可程序的說明理由制度和聽證制度等等，都適用于國務院實施行政許可的程序。因此，行政許可法的原則和精神適用于國務院實施行政許可的程序。
但由于國務院實施行政許可的一些事項有其特殊性，如涉及國家安全、社會公共利益或者對外經(jīng)濟貿(mào)易政策等，國務院實施行政許可的程序，在有關公開原則和時效制度等方面也需要作一些特殊規(guī)定。例如，核出口管制條例規(guī)定，對核出口申請進行初審和復審分別規(guī)定了15天的期限，同時規(guī)定對國家安全、社會公共利益或者外交政策有重要影響的核出口，必要時，應當報國務院審批。報國務院審批的，不受本條例規(guī)定的上述期限的限制。又如，招標投標法第四十條規(guī)定：“國務院對特定招標項目的評標有特別規(guī)定的，從其規(guī)定?！币虼?，本法規(guī)定，國務院實施行政許可的程序，適用有關法律、行政法規(guī)的規(guī)定。
但由于國務院實施行政許可的一些事項有其特殊性，如涉及國家安全、社會公共利益或者對外經(jīng)濟貿(mào)易政策等，國務院實施行政許可的程序，在有關公開原則和時效制度等方面也需要作一些特殊規(guī)定。例如，核出口管制條例規(guī)定，對核出口申請進行初審和復審分別規(guī)定了15天的期限，同時規(guī)定對國家安全、社會公共利益或者外交政策有重要影響的核出口，必要時，應當報國務院審批。報國務院審批的，不受本條例規(guī)定的上述期限的限制。又如，招標投標法第四十條規(guī)定：“國務院對特定招標項目的評標有特別規(guī)定的，從其規(guī)定?！币虼?，本法規(guī)定，國務院實施行政許可的程序，適用有關法律、行政法規(guī)的規(guī)定。