(一)組織構造
1、雙子葉植物根莖：①有次生構造;②外表有木栓層，少數為表皮(具根跡或葉跡維管束);③內皮層多不明顯;④中柱外方部位有的具厚壁組織，常排列成不連續(xù)的環(huán);⑤維管束大多為無限外韌型少數雙韌形，多呈環(huán)狀排列，束間被射線分隔;⑥中央有髓。
2、單子葉植物根莖：①初生構造;②外表為表皮，少數為“厚生皮層”(藜蘆);③皮層寬廣，常有葉跡維管束散在;④內皮層多明顯;⑤中柱中有多數維管束散在，大多為有限外韌型，也有周木型;⑥中央無髓。
3、雙子葉植物根莖異常構造
①髓維管束 位于根莖髓部的維管束。異型維管束呈復合型，位于髓部，如大黃;②內生韌皮部 位于木質部里端，在髓部的周圍形成各個分離的韌皮部束。如茄科、葫蘆科;
③木間木栓 在次生木質部內形成的木栓帶。如：甘松
4、蕨類植物根莖組織構造：①初生構造;②外表為一列表皮，下面有下表皮，為數列厚壁細胞;③一般具網狀中柱，網狀中柱的一個維管束又稱為分體中柱，分體中柱的形狀、數目及排列方式是品種鑒定的重要依據;④每一束維管束外圍有內皮層，為周韌維管束(綿馬貫眾)，⑤有的根莖具雙韌管狀中柱，中央有髓(狗脊)⑥根莖的木質部無導管而有管胞;⑦有的有間隙腺毛(綿馬貫眾)
(二)顯微鑒別注意點
根莖類中藥鑒別應注意以下幾個方面：應注意觀察細胞內含物、分泌組織及機械組織的存在和特征。
有油室(川芎、蒼術);油細胞(石菖蒲、干姜);單子葉植物中常有粘液細胞，其中含草酸鈣針晶或針晶束(半夏、白及);蒼術的木栓層有石細胞帶，黃連的皮層及中柱外方均有石細胞;多數藥材含淀粉粒，但菊科和桔梗科含菊糖無淀粉粒。
1、雙子葉植物根莖：①有次生構造;②外表有木栓層，少數為表皮(具根跡或葉跡維管束);③內皮層多不明顯;④中柱外方部位有的具厚壁組織，常排列成不連續(xù)的環(huán);⑤維管束大多為無限外韌型少數雙韌形，多呈環(huán)狀排列，束間被射線分隔;⑥中央有髓。
2、單子葉植物根莖：①初生構造;②外表為表皮，少數為“厚生皮層”(藜蘆);③皮層寬廣，常有葉跡維管束散在;④內皮層多明顯;⑤中柱中有多數維管束散在，大多為有限外韌型，也有周木型;⑥中央無髓。
3、雙子葉植物根莖異常構造
①髓維管束 位于根莖髓部的維管束。異型維管束呈復合型，位于髓部，如大黃;②內生韌皮部 位于木質部里端，在髓部的周圍形成各個分離的韌皮部束。如茄科、葫蘆科;
③木間木栓 在次生木質部內形成的木栓帶。如：甘松
4、蕨類植物根莖組織構造：①初生構造;②外表為一列表皮，下面有下表皮，為數列厚壁細胞;③一般具網狀中柱，網狀中柱的一個維管束又稱為分體中柱，分體中柱的形狀、數目及排列方式是品種鑒定的重要依據;④每一束維管束外圍有內皮層，為周韌維管束(綿馬貫眾)，⑤有的根莖具雙韌管狀中柱，中央有髓(狗脊)⑥根莖的木質部無導管而有管胞;⑦有的有間隙腺毛(綿馬貫眾)
(二)顯微鑒別注意點
根莖類中藥鑒別應注意以下幾個方面：應注意觀察細胞內含物、分泌組織及機械組織的存在和特征。
有油室(川芎、蒼術);油細胞(石菖蒲、干姜);單子葉植物中常有粘液細胞，其中含草酸鈣針晶或針晶束(半夏、白及);蒼術的木栓層有石細胞帶，黃連的皮層及中柱外方均有石細胞;多數藥材含淀粉粒，但菊科和桔梗科含菊糖無淀粉粒。