抗酸染色也可將細菌分為兩大類：即抗酸性細菌和非抗酸性細菌。因為臨床上絕大多數(shù)病原菌為非抗酸性細菌，所以抗酸染色不作為臨床上常規(guī)的細菌檢查項目，只針對性用于結(jié)核病、麻風病等的細菌檢查。疑似結(jié)核分枝桿菌感染的標本，經(jīng)抗酸染色后以油鏡檢查，即可作出初步鑒定。將有肺結(jié)核癥狀病人的痰標本，制成涂片后，作萋-納染色鏡檢，根據(jù)所見結(jié)果即可報告“找到（未找到）抗酸菌”。再如有腎感染癥狀的病人，取其尿標本，經(jīng)離心沉淀后作涂片，行萋-納及潘本漢抗酸染色，如兩張涂片均查見紅色抗酸桿菌，可報告為"找到抗酸分枝桿菌".對臨床疾病的診斷和治療具有重要參考價值。
除以上所述染色方法外，用于細菌鑒定的還有鞭毛染色、異染顆粒染色等。鞭毛染色后于顯微鏡下可觀察到菌體上有無鞭毛、鞭毛的位置及數(shù)量，在細菌鑒定中，特別是非發(fā)酵菌的鑒定中很重要。疑為白喉棒狀桿菌感染，進行涂片檢查，除證實為革蘭陽性典型棒狀桿菌外，還須用異染顆粒染色法，鏡檢異染顆粒，方可初步報告“檢出形似白喉棒狀桿菌”，為臨床早期診斷提供依據(jù)。
除以上所述染色方法外，用于細菌鑒定的還有鞭毛染色、異染顆粒染色等。鞭毛染色后于顯微鏡下可觀察到菌體上有無鞭毛、鞭毛的位置及數(shù)量，在細菌鑒定中，特別是非發(fā)酵菌的鑒定中很重要。疑為白喉棒狀桿菌感染，進行涂片檢查，除證實為革蘭陽性典型棒狀桿菌外，還須用異染顆粒染色法，鏡檢異染顆粒，方可初步報告“檢出形似白喉棒狀桿菌”，為臨床早期診斷提供依據(jù)。