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中央司法機構為刑部、大理寺、都察院。一改隋唐以降的大理寺、刑部、御史臺體系。
（1）明代刑部增設十三清吏司，分掌各省刑民案件，加強對地方司法控制；清代刑部是清朝中央的主審機關，為六部之一，執(zhí)掌全國“法律刑名”事務，下設十七清吏司分掌京師和各省審判事務，還設有追捕逃人的督捕司、辦理秋審的秋審處、專掌律例修訂的修訂法律館。刑部是清朝重要的司法機構，在處理全國法律事務方面一直起主導作用，主要負責：一是審理中央百官犯罪；二是審核地方上報的重案（死刑應交大理寺復核）；三是審理發(fā)生在京師的笞杖刑以上案件；四是處理地方上訴案及秋審事宜；五是主持司法行政與律例修訂事宜。
（2）明代大理寺掌復核駁正，大理寺發(fā)現(xiàn)有“情詞不明或失出入者”，駁回刑部改判，并再行復核。如此三改不當者，奏請皇帝裁決。依清律規(guī)定，大理寺的主要職責是復核死刑案件，平反冤獄，同時參與秋審、熱審等會審，如發(fā)現(xiàn)刑部定罪量刑有誤，可提出封駁。
（3）明代都察院掌糾察。主要是糾察百司，會審及審理官吏犯罪案件。設有十三道監(jiān)察御史。都察院司法執(zhí)掌主要有以下幾方面：一是復核或審理直隸、各省及京師職官犯罪案件；二是復核或審理直隸、各省及京師斬絞監(jiān)候案件；三是奉旨監(jiān)察御史巡按直隸、各省地方，對職官犯罪奏聞皇帝裁決，民人案件或親審或交兩司審理，“大事奏裁，小事立斷”。清承明制，都察院是全國高監(jiān)察機關，負責督察百官風紀、糾彈不法，同時負有監(jiān)督刑部、大理寺之責。如刑部、大理寺發(fā)生嚴重錯誤，可提出糾彈，亦可參與重大案件的會審。
中央上述三大司法機關統(tǒng)稱“三法司”。對重大疑難案件三法司共同會審，稱“三司會審”。
（4）地方司法機關。明朝地方司法機關分為省、府（直隸州）縣三級。沿宋制，省設提刑按察使司，“掌一省刑名按劾之事”，有權判處徒刑及以下案件，徒刑以上案件須報送中央刑部批準執(zhí)行。府、縣兩級仍是知府、知州、知縣實行行政司法合一體制，掌管獄訟事務。明代越訴受重懲。明朝還在各州縣及鄉(xiāng)設立“申明亭”，張貼榜文，申明教化，由民間德高望重的耆老受理當?shù)孛耖g糾紛，加以調處解決，有力地維護了社會秩序。
在清代，地方司法分州縣、府、省按察司、總督（及巡撫）四級。其中州或縣為第一審級，有權決定笞杖刑，徒以上案件上報。一般而言，有關田土、戶婚、斗毆諸般“細故”，均由州縣自理，但命盜重案，州縣初審后，應將人犯并案卷一并解赴上級機關審理。府為第二審級，負責復審州縣上報的刑事案件，提出擬罪意見，上報省按察司。省按察司為第三審級，負責復審各地方上報之徒刑以上案件，并審理軍流、死刑案的人犯，對于“審供無異”者，上報督撫，如發(fā)現(xiàn)有疑漏，則可駁回重審，或改發(fā)本省其他州縣、府更審?？偠剑ɑ蜓矒幔榈谒膶徏?，有權批復徒刑案件，復核軍流案件，如無異議，定案并諮報刑部。對死刑案則須復審，并上報中央。