正當(dāng)東晉朝全力攻擊孫恩的時候，桓玄乘機(jī)吞并上游諸藩鎮(zhèn)，占有東晉三分之二的土地。三吳破敗，東晉朝失去了依靠，成為僅有空名的朝廷?；感J(rèn)為滅晉稱帝的機(jī)會到了，與孫恩軍逼近建康同時，桓玄在江陵聚眾，謀奪取建康。402年，司馬元顯發(fā)兵要進(jìn)攻桓玄，桓玄軍卻順流而下，攻入建康，殺司馬道子司馬元顯，政權(quán)全歸桓玄。404年，桓玄廢晉安帝，自立為皇帝，國號楚。
東晉朝是王謝庾桓四大族勢力平衡下的產(chǎn)物，王謝庾三族相繼衰落，桓氏成為的大族，驕奢*昏毫無才能的桓玄便輕而易舉地消滅了東晉朝。
孫恩亂后，東方諸郡大饑，一向腐朽的士族中人，這時候披著精制的羅衣，抱著心愛的金玉，關(guān)著大門整家整家地餓死。他們連掘些草根充饑的本領(lǐng)也沒有，當(dāng)然不會有人起來和桓玄爭奪帝位。但是，桓玄也是腐朽已極的一人，他不可能維持既得的地位，當(dāng)時存在著一個能夠消滅桓族勢力的人物劉裕。
404年，劉裕在京口約集失意士人密謀攻桓玄，被眾推為盟主。劉裕擊敗桓玄，掌握東晉政權(quán)。