三、如何確定應納稅所得額
非居民企業(yè)在中國境內承包工程作業(yè)應繳納的企業(yè)所得稅的應納稅所得額，應參照《企業(yè)所得稅法》及其《實施條例》來確定，即企業(yè)每一年度的收入總額，減除不征稅收入、免稅收入、各項扣除以及允許彌補的以前年度虧損后的余額為應納稅所得額。建筑、安裝、裝配工程和提供勞務，持續(xù)時間超過一年的，可以按完工進度或者完成的工作量確定收入的實現(xiàn)。但外國企業(yè)是依照外國（地區(qū)）法律登記設立的，其核算地一般為境外。根據《國家稅務總局關于外商承包工程作業(yè)和提供勞務取得收入計算征稅有關問題的通知》（國稅發(fā)[1995]197號）：“外國企業(yè)在我國境內承包工程作業(yè)和提供勞務活動，凡采取核定利潤率征收企業(yè)所得稅的，仍可依照《財政部關于對外商承包工程作業(yè)和提供勞務服務征收工商統(tǒng)一稅和企業(yè)所得稅的暫行規(guī)定》（（83）財稅字第l49號）第一條1、2項以及《財政部關于對外商承包工程作業(yè)和提供勞務代為采購或代為制造的機器設備、建筑材料的價款準予從承包業(yè)務收入中適當扣除計算征稅問題的通知》（（87）財稅字第134號）的規(guī)定，就其收入總額扣除轉承包價款和代購代制設備、材料價款后的余額，以不低于10%為原則，參照同行業(yè)利潤水平，核定利潤計征企業(yè)所得稅。”（87）財稅字第134號文規(guī)定：“外國公司、企業(yè)和其他經濟組織在中國境內承包工程作業(yè)和提供勞務，代為采購或者代為制造出包方的工程作業(yè)或勞務項目所需用的機械設備、建筑材料，符合下列各項條件的，其價款準予從其承包工程或勞務項目的業(yè)務收入總額中扣除計算繳納工商統(tǒng)一稅和企業(yè)所得稅，但扣除額最多不得超過業(yè)務收入總額的70%。條件是：一、雙方簽訂有經過批準的代購代制合同，所代購或代為制造的機器設備、建筑材料全部用于本工程或勞務項目；二、開具有標明出包方臺頭的原始發(fā)貨票憑證并由發(fā)包方繳納關稅的；三、所代購或代為制造的機器設備、建筑材料歸出包方所有，并由出包方驗收保管，按工程項目計劃發(fā)放使用。”另外，發(fā)包方不得為承包工程作業(yè)的外國企業(yè)承擔稅款，否則，應將發(fā)包企業(yè)承付的工程稅款并人承包方收入中納稅，也就是要將不含稅收入換算為含稅收入。對外商企業(yè)不能提供完整、準確的成本、費用憑證，不能正確計算應納稅所得額的，由當地稅務機關參照同行業(yè)或者類似行業(yè)的利潤水平核定利潤率（由當地稅務機關參照同行業(yè)的利潤水平按照不低于20%的比例核定利潤率），計算其應納稅所得額；企業(yè)不能提供完整、準確的收入憑證，不能正確申報收入額的，由當地稅務機關采用成本（費用）加合理的利潤等方法予以核定，確定其應納稅所得額。
四、如何進行稅收管理
在非居民企業(yè)承包境內工程的稅收管理上，《企業(yè)所得稅法》第三十八條規(guī)定：“對非居民企業(yè)在中國境內取得工程作業(yè)和勞務所得應繳納的所得稅，稅務機關可以指定工程價款或者勞務費的支付人為扣繳義務人?！薄秾嵤l例》第一百零六條同時規(guī)定：“可以指定扣繳義務人的情形，包括：（一）預計工程作業(yè)或者提供勞務期限不足一個納稅年度，且有證據表明不履行納稅義務的；（二）沒有辦理稅務登記或者臨時稅務登記，且未委托中國境內的代理人履行納稅義務的；（三）未按照規(guī)定期限辦理企業(yè)所得稅納稅申報或者預繳申報的。前款規(guī)定的扣繳義務人，由縣級以上稅務機關指定，并同時告知扣繳義務人所扣稅款的計算依據、計算方法、扣繳期限和扣繳方式。”由此可見，對非居民企業(yè)在中國境內取得工程作業(yè)應當繳納的企業(yè)所得稅，由支付單位負扣繳義務的前提必須是由稅務機關（縣級以上）依法指定。也就是說，該義務只有在稅務機關指定后才可形成實質上的義務，未經指定不得實施扣繳。并且對稅務機關指定由支付單位扣繳的，必須要符合可以指定扣繳的三種情形之一，稅務機關才可以依法指定。對稅務機關指定由支付單位代扣企業(yè)所得稅的，稅務機關還應當同時告知扣繳義務人所扣稅款的計算依據、計算方法、扣繳期限和扣繳方式。對扣繳義務人應扣而未扣或不扣的，將依據《稅收征管法》第六十九條規(guī)定處理，即“扣繳義務人應扣未扣，應收而不收稅款的，由稅務機關向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處應扣未扣、應收未收稅款百分之五十以上三倍以下的罰款。”同時，根據《企業(yè)所得稅法》第三十九條：“扣繳義務人未依法扣繳或者無法履行扣繳義務的，由納稅人在所得發(fā)生地繳納。納稅人未依法繳納的，稅務機關可以從該納稅人在中國境內其他收入項目的支付人應付的款項中，追繳該納稅人的應納稅款。”
非居民企業(yè)在中國境內承包工程作業(yè)應繳納的企業(yè)所得稅的應納稅所得額，應參照《企業(yè)所得稅法》及其《實施條例》來確定，即企業(yè)每一年度的收入總額，減除不征稅收入、免稅收入、各項扣除以及允許彌補的以前年度虧損后的余額為應納稅所得額。建筑、安裝、裝配工程和提供勞務，持續(xù)時間超過一年的，可以按完工進度或者完成的工作量確定收入的實現(xiàn)。但外國企業(yè)是依照外國（地區(qū)）法律登記設立的，其核算地一般為境外。根據《國家稅務總局關于外商承包工程作業(yè)和提供勞務取得收入計算征稅有關問題的通知》（國稅發(fā)[1995]197號）：“外國企業(yè)在我國境內承包工程作業(yè)和提供勞務活動，凡采取核定利潤率征收企業(yè)所得稅的，仍可依照《財政部關于對外商承包工程作業(yè)和提供勞務服務征收工商統(tǒng)一稅和企業(yè)所得稅的暫行規(guī)定》（（83）財稅字第l49號）第一條1、2項以及《財政部關于對外商承包工程作業(yè)和提供勞務代為采購或代為制造的機器設備、建筑材料的價款準予從承包業(yè)務收入中適當扣除計算征稅問題的通知》（（87）財稅字第134號）的規(guī)定，就其收入總額扣除轉承包價款和代購代制設備、材料價款后的余額，以不低于10%為原則，參照同行業(yè)利潤水平，核定利潤計征企業(yè)所得稅。”（87）財稅字第134號文規(guī)定：“外國公司、企業(yè)和其他經濟組織在中國境內承包工程作業(yè)和提供勞務，代為采購或者代為制造出包方的工程作業(yè)或勞務項目所需用的機械設備、建筑材料，符合下列各項條件的，其價款準予從其承包工程或勞務項目的業(yè)務收入總額中扣除計算繳納工商統(tǒng)一稅和企業(yè)所得稅，但扣除額最多不得超過業(yè)務收入總額的70%。條件是：一、雙方簽訂有經過批準的代購代制合同，所代購或代為制造的機器設備、建筑材料全部用于本工程或勞務項目；二、開具有標明出包方臺頭的原始發(fā)貨票憑證并由發(fā)包方繳納關稅的；三、所代購或代為制造的機器設備、建筑材料歸出包方所有，并由出包方驗收保管，按工程項目計劃發(fā)放使用。”另外，發(fā)包方不得為承包工程作業(yè)的外國企業(yè)承擔稅款，否則，應將發(fā)包企業(yè)承付的工程稅款并人承包方收入中納稅，也就是要將不含稅收入換算為含稅收入。對外商企業(yè)不能提供完整、準確的成本、費用憑證，不能正確計算應納稅所得額的，由當地稅務機關參照同行業(yè)或者類似行業(yè)的利潤水平核定利潤率（由當地稅務機關參照同行業(yè)的利潤水平按照不低于20%的比例核定利潤率），計算其應納稅所得額；企業(yè)不能提供完整、準確的收入憑證，不能正確申報收入額的，由當地稅務機關采用成本（費用）加合理的利潤等方法予以核定，確定其應納稅所得額。
四、如何進行稅收管理
在非居民企業(yè)承包境內工程的稅收管理上，《企業(yè)所得稅法》第三十八條規(guī)定：“對非居民企業(yè)在中國境內取得工程作業(yè)和勞務所得應繳納的所得稅，稅務機關可以指定工程價款或者勞務費的支付人為扣繳義務人?！薄秾嵤l例》第一百零六條同時規(guī)定：“可以指定扣繳義務人的情形，包括：（一）預計工程作業(yè)或者提供勞務期限不足一個納稅年度，且有證據表明不履行納稅義務的；（二）沒有辦理稅務登記或者臨時稅務登記，且未委托中國境內的代理人履行納稅義務的；（三）未按照規(guī)定期限辦理企業(yè)所得稅納稅申報或者預繳申報的。前款規(guī)定的扣繳義務人，由縣級以上稅務機關指定，并同時告知扣繳義務人所扣稅款的計算依據、計算方法、扣繳期限和扣繳方式。”由此可見，對非居民企業(yè)在中國境內取得工程作業(yè)應當繳納的企業(yè)所得稅，由支付單位負扣繳義務的前提必須是由稅務機關（縣級以上）依法指定。也就是說，該義務只有在稅務機關指定后才可形成實質上的義務，未經指定不得實施扣繳。并且對稅務機關指定由支付單位扣繳的，必須要符合可以指定扣繳的三種情形之一，稅務機關才可以依法指定。對稅務機關指定由支付單位代扣企業(yè)所得稅的，稅務機關還應當同時告知扣繳義務人所扣稅款的計算依據、計算方法、扣繳期限和扣繳方式。對扣繳義務人應扣而未扣或不扣的，將依據《稅收征管法》第六十九條規(guī)定處理，即“扣繳義務人應扣未扣，應收而不收稅款的，由稅務機關向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處應扣未扣、應收未收稅款百分之五十以上三倍以下的罰款。”同時，根據《企業(yè)所得稅法》第三十九條：“扣繳義務人未依法扣繳或者無法履行扣繳義務的，由納稅人在所得發(fā)生地繳納。納稅人未依法繳納的，稅務機關可以從該納稅人在中國境內其他收入項目的支付人應付的款項中，追繳該納稅人的應納稅款。”