隨著城市建設和城鎮(zhèn)開發(fā)的加快，大量農(nóng)村集體所有的土地被國家征收，不少農(nóng)村集體組織因此獲得巨額征收土地補償費。在處理土地補償費分配問題上，有些村委會將補償費用于興辦集體企業(yè)，有些將補償費存入銀行獲取利息，有些將土地補償費用于招待費支出，有的甚至將土地補償費出借謀取非法利益，直接分配給村民的不到5%。2004年10月21日國務院發(fā)布了（2004）第28號《關于深化改革嚴格土地管理的決定》“省、自治區(qū)、直轄市人民政府應當根據(jù)土地補償費主要用于被征地農(nóng)戶的原則，制訂土地補償費在農(nóng)村集體經(jīng)濟組織內(nèi)部的分配辦法。被征地的農(nóng)村集體經(jīng)濟組織應當將征地補償費用的收支和分配情況，向本集體經(jīng)濟組織成員公布，接受監(jiān)督。農(nóng)業(yè)、民政等部門要加強對農(nóng)村集體經(jīng)濟組織內(nèi)部征地補償費用分配和使用的監(jiān)督?！睆拇耍恋匮a償費用于“集體”的原則被解禁，同時確立了主要用于“被征地農(nóng)戶”的原則，土地補償費分配成為今后村委會的一項重要工作，土地補償費是村民獲得土地補償?shù)闹饕獊碓础Ｓ捎诖寮壐刹康姆梢庾R淡薄，造成土地補償費大量流失，引發(fā)村民與村委會、村民與村民、村民與鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府的大量糾紛發(fā)生，主要三大類：
一、村民不平等待遇侵權類糾紛
（1）侵犯“男到女家”落戶及其所生子女的平等分配權糾紛；
（2）侵犯未遷出戶口“外嫁婦女”及其子女的平等分配權糾紛；
（3）侵犯離婚后沒遷出戶口或再婚子女入戶的平等分配權糾紛；
（4）侵犯由外村遷入本集體經(jīng)濟組織成員的平等分配權糾紛；
（5）侵犯在校大中專學生的平等分配權糾紛；
上述集體組織成員在村委會制定《農(nóng)村集體組織分配土地補償款方案》時往往被少分配甚至不分配，他們的平等分配權被限制或者剝奪，屬于典型的民事侵權糾紛案件。
二、土地補償費被有關單位截留侵權類糾紛
（1） 村委會截留村民小組土地補償費糾紛；
（2） 鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府截留村委會或村民小小組土地補償費糾紛；
三、土地補償費是否分配糾紛
土地補償費是否分配糾紛往往發(fā)生在村民與村委會之間，村委會在收到土地補償費后，有的明確決定不分配土地補償；有的決定分配比例；有的全部分配。
征收土地補償費分配糾紛自2005年9月1日起正式納入法院受理范圍，結束了長達20余年的理論、司法的爭議。上訴糾紛案件均可向有管轄權的法院提起民事訴訟。
人民法院(法釋[2005]6號)《關于審理涉及農(nóng)村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十四條規(guī)定：“農(nóng)村集體經(jīng)濟組織或者村民委員會、村民小組，可以依照法律規(guī)定的民主議定程序，決定在本集體經(jīng)濟組織內(nèi)部分配已經(jīng)收到的土地補償費。征地補償安置方案確定時已經(jīng)具有本集體經(jīng)濟組織成員資格的人，請求支付相應份額的，應予支持。但已報全國人大常委會、國務院備案的地方性法規(guī)、自治條例和單行條例、地方政府規(guī)章對土地補償費在農(nóng)村集體經(jīng)濟組織內(nèi)部的分配辦法另有規(guī)定的除外?！狈厕r(nóng)村集體組織成員，因征收土地補償費分配問題與村集體發(fā)生糾紛而起訴到人民法院的，只要符合《民事訴訟法》第一百零八條規(guī)定的受理條件人民法院應當受理。依法妥善處理農(nóng)村征收土地補償款分配糾紛，保護當事人，尤其是婦女兒童的合法權益，維護農(nóng)村社會的穩(wěn)定和促進農(nóng)村經(jīng)濟的發(fā)展。在處理農(nóng)村土地補償費分配糾紛時，除了正確適用法律、法規(guī)和司法解釋外，還要注意正確處理好以下幾個方面的問題：
一、充分尊重農(nóng)村集體組織的自治權
人民法院處理農(nóng)村土地補償款分配糾紛時，不能輕易否定農(nóng)村集體組織的分配方案，更不能直接代替農(nóng)村集體組織作出分配決定。因為，農(nóng)村集體組織是依法成立的村民自治組織，代表村民管理集體的財產(chǎn)，是村民集體意志的體現(xiàn)。所以，農(nóng)村集體組織按照民主議定的原則，經(jīng)過村民會議或村民代表大會討論通過而作出的分配決定或方案，只要不違反法律和行政法規(guī)的禁止性規(guī)定，不與法律、法規(guī)和政策相抵觸的，人民法院應當尊重集體組織的自治權。如果農(nóng)村集體組織的分配原則、辦法、決定和方案有侵害村民合法權益的，人民法院應當予以糾正，依法作出公正合理的判決。
２、必須貫徹村民待遇平等的原則
農(nóng)村集體土地所有權的性質(zhì)屬村民集體成員共同所有。所以，來源于農(nóng)村集體組織所有的土地等自然資源的收益，屬于全體村民，也就是說農(nóng)村集體征用土地補償費是對全體村民集體成員的補償。土地補償費的分配，如果沒有法律的特別規(guī)定，就應由享有村民待遇的全體村民共同平等參與分配。但是，應當注意的是，平等分配不等于平均分配，而要結合權利義務相一致的原則，公平做出處理。
３、注意保護婦女、兒童的合法權益
保護婦女、兒童合法權益原則是我國一項重要的法律原則。當前，雖然法律上規(guī)定婦女與男子享有平等的權利，但實際生活中還存在某些妨礙婦女行使平等權利的消極因素，侵害婦女、兒童合法權益的現(xiàn)象仍時有發(fā)生。在農(nóng)村土地補償款分配糾紛中，受侵害的主體多為婦女和兒童。所以，處理農(nóng)村土地補償款分配糾紛時，要注意貫徹保護婦女、兒童合法權益的法律原則。強化對婦女、兒童權益保護的司法手段。確保婦女享有與男子平等的財產(chǎn)權利和待遇。要依法堅決糾正各種重男輕女、歧視婦女、對婦女實行不平等待遇、侵害婦女合法權益的錯誤作法。
一、村民不平等待遇侵權類糾紛
（1）侵犯“男到女家”落戶及其所生子女的平等分配權糾紛；
（2）侵犯未遷出戶口“外嫁婦女”及其子女的平等分配權糾紛；
（3）侵犯離婚后沒遷出戶口或再婚子女入戶的平等分配權糾紛；
（4）侵犯由外村遷入本集體經(jīng)濟組織成員的平等分配權糾紛；
（5）侵犯在校大中專學生的平等分配權糾紛；
上述集體組織成員在村委會制定《農(nóng)村集體組織分配土地補償款方案》時往往被少分配甚至不分配，他們的平等分配權被限制或者剝奪，屬于典型的民事侵權糾紛案件。
二、土地補償費被有關單位截留侵權類糾紛
（1） 村委會截留村民小組土地補償費糾紛；
（2） 鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府截留村委會或村民小小組土地補償費糾紛；
三、土地補償費是否分配糾紛
土地補償費是否分配糾紛往往發(fā)生在村民與村委會之間，村委會在收到土地補償費后，有的明確決定不分配土地補償；有的決定分配比例；有的全部分配。
征收土地補償費分配糾紛自2005年9月1日起正式納入法院受理范圍，結束了長達20余年的理論、司法的爭議。上訴糾紛案件均可向有管轄權的法院提起民事訴訟。
人民法院(法釋[2005]6號)《關于審理涉及農(nóng)村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十四條規(guī)定：“農(nóng)村集體經(jīng)濟組織或者村民委員會、村民小組，可以依照法律規(guī)定的民主議定程序，決定在本集體經(jīng)濟組織內(nèi)部分配已經(jīng)收到的土地補償費。征地補償安置方案確定時已經(jīng)具有本集體經(jīng)濟組織成員資格的人，請求支付相應份額的，應予支持。但已報全國人大常委會、國務院備案的地方性法規(guī)、自治條例和單行條例、地方政府規(guī)章對土地補償費在農(nóng)村集體經(jīng)濟組織內(nèi)部的分配辦法另有規(guī)定的除外?！狈厕r(nóng)村集體組織成員，因征收土地補償費分配問題與村集體發(fā)生糾紛而起訴到人民法院的，只要符合《民事訴訟法》第一百零八條規(guī)定的受理條件人民法院應當受理。依法妥善處理農(nóng)村征收土地補償款分配糾紛，保護當事人，尤其是婦女兒童的合法權益，維護農(nóng)村社會的穩(wěn)定和促進農(nóng)村經(jīng)濟的發(fā)展。在處理農(nóng)村土地補償費分配糾紛時，除了正確適用法律、法規(guī)和司法解釋外，還要注意正確處理好以下幾個方面的問題：
一、充分尊重農(nóng)村集體組織的自治權
人民法院處理農(nóng)村土地補償款分配糾紛時，不能輕易否定農(nóng)村集體組織的分配方案，更不能直接代替農(nóng)村集體組織作出分配決定。因為，農(nóng)村集體組織是依法成立的村民自治組織，代表村民管理集體的財產(chǎn)，是村民集體意志的體現(xiàn)。所以，農(nóng)村集體組織按照民主議定的原則，經(jīng)過村民會議或村民代表大會討論通過而作出的分配決定或方案，只要不違反法律和行政法規(guī)的禁止性規(guī)定，不與法律、法規(guī)和政策相抵觸的，人民法院應當尊重集體組織的自治權。如果農(nóng)村集體組織的分配原則、辦法、決定和方案有侵害村民合法權益的，人民法院應當予以糾正，依法作出公正合理的判決。
２、必須貫徹村民待遇平等的原則
農(nóng)村集體土地所有權的性質(zhì)屬村民集體成員共同所有。所以，來源于農(nóng)村集體組織所有的土地等自然資源的收益，屬于全體村民，也就是說農(nóng)村集體征用土地補償費是對全體村民集體成員的補償。土地補償費的分配，如果沒有法律的特別規(guī)定，就應由享有村民待遇的全體村民共同平等參與分配。但是，應當注意的是，平等分配不等于平均分配，而要結合權利義務相一致的原則，公平做出處理。
３、注意保護婦女、兒童的合法權益
保護婦女、兒童合法權益原則是我國一項重要的法律原則。當前，雖然法律上規(guī)定婦女與男子享有平等的權利，但實際生活中還存在某些妨礙婦女行使平等權利的消極因素，侵害婦女、兒童合法權益的現(xiàn)象仍時有發(fā)生。在農(nóng)村土地補償款分配糾紛中，受侵害的主體多為婦女和兒童。所以，處理農(nóng)村土地補償款分配糾紛時，要注意貫徹保護婦女、兒童合法權益的法律原則。強化對婦女、兒童權益保護的司法手段。確保婦女享有與男子平等的財產(chǎn)權利和待遇。要依法堅決糾正各種重男輕女、歧視婦女、對婦女實行不平等待遇、侵害婦女合法權益的錯誤作法。