我公司為（集團）型企業(yè)，經國家稅務總局批準，對部份下屬子公司實行所得稅合并繳納。第一個問題是，是否可以以合并納稅的單位按照財政部合并會計報表準則后的合并報表（抵減了對子公司的投資收益等）為基礎數(shù)據(jù)加減納稅調整后計算應納稅所得額作為納稅申報？第二個問題是（該問題與合并納稅無關），比如2003年應納稅所得額為負數(shù)，但會計利潤為正數(shù)，因為利潤來源主要為獨立納稅子公司稅后分利而調減會計利潤后應納稅所得額為負數(shù)。那么，2004年是否可以將2003年應納稅所得額的負數(shù)作為虧損彌補？第三個問題是，外地的銷售分支機構（非獨立法人）是否在當?shù)貞獙嵭蓄A交所得稅款？但年終合并計算后為虧損如何辦理？第四個問題是，如果母公司與子公司稅率不一樣（其中一方為優(yōu)惠政策，不需要補稅的情況）合并納稅后有利潤，應按何稅率計所得稅？
答：1、國稅發(fā)［２００１］１３號第一條明確規(guī)定，經批準實行匯總、合并繳納企業(yè)所得稅(以下稱匯總納稅)的企業(yè)總機構或集團母公司(以下稱匯繳企業(yè))及其匯總納稅的成員企業(yè)(以下稱成員企業(yè))，除本通知第十三條的規(guī)定外，一律執(zhí)行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預交、集中清算”的匯總納稅辦法。所謂統(tǒng)一計算：是指匯繳企業(yè)，按照《中華人民共和國企業(yè)所得稅暫行條例》及其實施細則和有關規(guī)定，在匯總成員企業(yè)的年度企業(yè)所得稅納稅申報表的基礎上，統(tǒng)一計算年度應納稅所得額、應納所得稅額。由此可見，企業(yè)總機構或集團母公司匯算清繳所得稅是在匯總成員企業(yè)的年度企業(yè)所得稅納稅申報表的基礎上，統(tǒng)一計算年度應納稅所得額、應納所得稅額的。所以不可以以合并納稅的單位按照財政部合并會計報表準則后的合并報表（抵減了對子公司的投資收益等）為基礎數(shù)據(jù)加減納稅調整后計算應納稅所得額作為納稅申報。
2、如果你所說的“2003年應納稅所得額為負數(shù)”，且經過主管稅務機關審核認可，則2004年可以將2003年負數(shù)應納稅所得額作為虧損彌補。
3、（1）國稅發(fā)［２００１］１３號第二條規(guī)定，母子公司體制的企業(yè)集團和總機構，以母公司本部和各級子公司為就地預交所得稅的成員企業(yè)；總分公司體制的企業(yè)，以總公司和符合獨立核算條件的各級分公司為就地預交所得稅的成員企業(yè)，所以你所說的外地的銷售分支機構（非獨立法人），應當在當?shù)匾婪A交所得稅款。
（2）國稅發(fā)［２００１］１３號第六條規(guī)定，成員企業(yè)在總機構集中清算年度發(fā)生的虧損，由總機構在年度匯總清算時統(tǒng)一盈虧相抵，并可按稅法規(guī)定遞延抵補，各員企業(yè)均不得再用本企業(yè)以后年度的應納稅所得額進行彌補虧損。若貴單位母公司年終合并計算后為虧損，可按稅法規(guī)定遞延到以后年度抵補。
4、如果母公司與子公司稅率不一樣，且合并納稅后有利潤，計算所得稅所適用的稅率應分情況確定。國稅發(fā)［２０００］１８５號第十三條規(guī)定，成員企業(yè)在低稅率地區(qū)的，審批匯總納稅時，原則上不納入匯總納稅的范圍。由于企業(yè)的經營管理和核算特點，需將在低稅地區(qū)的成員企業(yè)納入匯總納稅范圍的，總機構若在高稅率地區(qū)，其在低稅率地區(qū)的成員企業(yè)，統(tǒng)一按總機構的稅率匯總納稅；總機構在低稅率地區(qū)的，區(qū)內、區(qū)外成員企業(yè)必須分別核算，分別按規(guī)定稅率計算繳納企業(yè)所得稅，不能分開核算的，統(tǒng)一按３３％的稅率征收所得稅。
答：1、國稅發(fā)［２００１］１３號第一條明確規(guī)定，經批準實行匯總、合并繳納企業(yè)所得稅(以下稱匯總納稅)的企業(yè)總機構或集團母公司(以下稱匯繳企業(yè))及其匯總納稅的成員企業(yè)(以下稱成員企業(yè))，除本通知第十三條的規(guī)定外，一律執(zhí)行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預交、集中清算”的匯總納稅辦法。所謂統(tǒng)一計算：是指匯繳企業(yè)，按照《中華人民共和國企業(yè)所得稅暫行條例》及其實施細則和有關規(guī)定，在匯總成員企業(yè)的年度企業(yè)所得稅納稅申報表的基礎上，統(tǒng)一計算年度應納稅所得額、應納所得稅額。由此可見，企業(yè)總機構或集團母公司匯算清繳所得稅是在匯總成員企業(yè)的年度企業(yè)所得稅納稅申報表的基礎上，統(tǒng)一計算年度應納稅所得額、應納所得稅額的。所以不可以以合并納稅的單位按照財政部合并會計報表準則后的合并報表（抵減了對子公司的投資收益等）為基礎數(shù)據(jù)加減納稅調整后計算應納稅所得額作為納稅申報。
2、如果你所說的“2003年應納稅所得額為負數(shù)”，且經過主管稅務機關審核認可，則2004年可以將2003年負數(shù)應納稅所得額作為虧損彌補。
3、（1）國稅發(fā)［２００１］１３號第二條規(guī)定，母子公司體制的企業(yè)集團和總機構，以母公司本部和各級子公司為就地預交所得稅的成員企業(yè)；總分公司體制的企業(yè)，以總公司和符合獨立核算條件的各級分公司為就地預交所得稅的成員企業(yè)，所以你所說的外地的銷售分支機構（非獨立法人），應當在當?shù)匾婪A交所得稅款。
（2）國稅發(fā)［２００１］１３號第六條規(guī)定，成員企業(yè)在總機構集中清算年度發(fā)生的虧損，由總機構在年度匯總清算時統(tǒng)一盈虧相抵，并可按稅法規(guī)定遞延抵補，各員企業(yè)均不得再用本企業(yè)以后年度的應納稅所得額進行彌補虧損。若貴單位母公司年終合并計算后為虧損，可按稅法規(guī)定遞延到以后年度抵補。
4、如果母公司與子公司稅率不一樣，且合并納稅后有利潤，計算所得稅所適用的稅率應分情況確定。國稅發(fā)［２０００］１８５號第十三條規(guī)定，成員企業(yè)在低稅率地區(qū)的，審批匯總納稅時，原則上不納入匯總納稅的范圍。由于企業(yè)的經營管理和核算特點，需將在低稅地區(qū)的成員企業(yè)納入匯總納稅范圍的，總機構若在高稅率地區(qū)，其在低稅率地區(qū)的成員企業(yè)，統(tǒng)一按總機構的稅率匯總納稅；總機構在低稅率地區(qū)的，區(qū)內、區(qū)外成員企業(yè)必須分別核算，分別按規(guī)定稅率計算繳納企業(yè)所得稅，不能分開核算的，統(tǒng)一按３３％的稅率征收所得稅。