所得稅年度申報表主表是以企業(yè)會計核算為基礎(chǔ)，以稅法規(guī)定為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行納稅間接調(diào)整，從而確定應(yīng)納稅所得額。而不是按照原來的直接按稅法規(guī)定計算填報收入和成本費用，在此基礎(chǔ)上再進(jìn)行納稅調(diào)整。因此，主表前13行“利潤總額計算”的數(shù)字都是取自企業(yè)會計賬簿和會計報表資料。
應(yīng)納稅所得額=會計利潤±納稅調(diào)整項目金額
應(yīng)納稅額＝[（利潤總額±會計稅法差異產(chǎn)生納稅調(diào)整）－彌補(bǔ)虧損]×法定稅率－減免稅額－抵免稅額
與原1個主表14個附表的年度申報表相比，新申報表只有1個主表11個附表。（不含增加兩張收入明細(xì)表及兩張成本、支出明細(xì)表）
取消：原申報表中的《捐贈支出明細(xì)表》、《技術(shù)開發(fā)費加計扣除額明細(xì)表》、《工資薪金和工會經(jīng)費等三項經(jīng)費明細(xì)表》和《壞賬損失明細(xì)表》（《呆賬準(zhǔn)備計提明細(xì)表》、《保險準(zhǔn)備金提轉(zhuǎn)差納稅調(diào)整表》）。
增加：《以公允價值計量資產(chǎn)納稅調(diào)整表》、《資產(chǎn)減值準(zhǔn)備項目調(diào)整明細(xì)表》。在收入和成本明細(xì)表中增加了事業(yè)單位、社會團(tuán)體、民辦非企業(yè)單位的收入和支出明細(xì)表。
合并：《納稅調(diào)整增加項目明細(xì)表》和《納稅調(diào)整減少項目明細(xì)表》合并為《納稅調(diào)整項目明細(xì)表》
改變：《免稅所得及減免稅明細(xì)表》改為《稅收優(yōu)惠明細(xì)表》；《廣告費支出明細(xì)表》改為《廣告費和業(yè)務(wù)宣傳費跨年度納稅調(diào)整明細(xì)表》；《投資所得（損失）明細(xì)表》改為《長期股權(quán)投資所得（損失）明細(xì)表》；《稅前彌補(bǔ)虧損明細(xì)表》改為《企業(yè)所得稅彌補(bǔ)虧損明細(xì)表》；《境外所得稅抵扣計算明細(xì)表》改為《境外所得稅抵免計算明細(xì)表》；《資產(chǎn)折舊、攤銷明細(xì)表》改為《資產(chǎn)折舊、攤銷納稅調(diào)整明細(xì)表》。
保留：《收入明細(xì)表》、《成本費用明細(xì)表》。
金融企業(yè)收入明細(xì)表及事業(yè)單位、社會團(tuán)體、民辦非企業(yè)單位收入明細(xì)表；金融企業(yè)成本費用明細(xì)表及事業(yè)單位、社會團(tuán)體、民辦非企業(yè)單位支出明細(xì)表。
上述表格的變化主要是根據(jù)稅收政策的變化和簡化合并需要而改變的。
原申報表根據(jù)稅收政策，將免稅所得列入納稅調(diào)整后所得彌補(bǔ)虧損后減除，將減免所得稅額列入計算企業(yè)應(yīng)納所得稅額后減除，也就是說如果企業(yè)彌補(bǔ)虧損后，沒有所得額的話將不再計算減除，不能擴(kuò)大年度虧損額。
新申報表根據(jù)新所得稅法規(guī)定則將不征稅收入(來源附表一②，在第14行）、免稅收入、減計收入、減免稅項目所得、加計扣除和抵扣應(yīng)納稅所得額直接計入納稅調(diào)減項目，在“納稅調(diào)整后所得”之前扣除。這樣無論企業(yè)是否有利潤和所得，這些項目都可以在當(dāng)年作為稅前扣除，直接減少所得額或擴(kuò)大當(dāng)年度虧損。
在主表計算“納稅調(diào)整后所得”之前有一欄“加：境外應(yīng)稅所得彌補(bǔ)境內(nèi)虧損”。其填表說明中規(guī)定：依據(jù)《境外所得計征企業(yè)所得稅暫行管理辦法》的規(guī)定，納稅人在計算繳納企業(yè)所得稅時，其境外營業(yè)機(jī)構(gòu)的盈利可以彌補(bǔ)境內(nèi)營業(yè)機(jī)構(gòu)的虧損。即當(dāng)“利潤總額”，加“納稅調(diào)整增加額”減“納稅調(diào)整減少額”為負(fù)數(shù)時，該行填報企業(yè)境外應(yīng)稅所得用于彌補(bǔ)境內(nèi)虧損的部分，不得超過企業(yè)當(dāng)年的全部境外應(yīng)稅所得(來源附表6第7列）；如為正數(shù)時，如以前年度無虧損額，本行填零；如以前年度有虧損額，取應(yīng)彌補(bǔ)以前年度虧損額的值，不得超過企業(yè)當(dāng)年的全部境外應(yīng)稅所得。
而原企業(yè)所得稅法規(guī)定，企業(yè)境外業(yè)務(wù)之間的盈虧可以互相彌補(bǔ)，但企業(yè)境內(nèi)外之間的盈虧不得相互彌補(bǔ)。
稅法規(guī)定，納稅人因收回、轉(zhuǎn)讓或清算處置股權(quán)投資發(fā)生的股權(quán)投資損失，可以在稅前扣除，但在每一納稅年度扣除的股權(quán)投資損失，不得超過當(dāng)年實現(xiàn)的股權(quán)投資收益和投資轉(zhuǎn)讓所得，超過部分可按規(guī)定向以后年度結(jié)轉(zhuǎn)扣除。
但是對于投資損失如何扣除一直存在不同的看法，有的認(rèn)為投資損失要在投資收益和投資轉(zhuǎn)讓所得中扣除。這樣的話，免稅的投資收益就會由于彌補(bǔ)投資損失而實際得不到免稅，投資損失實際也沒有在稅前扣除。有的則認(rèn)為，投資損失應(yīng)該在應(yīng)稅所得中扣除，只要扣除數(shù)額不超過當(dāng)年實現(xiàn)的投資收益和投資轉(zhuǎn)讓所得即可。這樣的話，免稅投資收益才能真正的享受免稅。
新申報表對此仍然不甚明了，雖然規(guī)定免稅收入可以作為納稅調(diào)減項目，但如果稅務(wù)機(jī)關(guān)要求損失在免稅投資收益中扣除的話，損失部分仍可以作為納稅調(diào)增處理。
在“投資損失補(bǔ)充資料填報說明”反映投資轉(zhuǎn)讓損失歷年彌補(bǔ)情況的“本年度彌補(bǔ)金額”時說明：本年投資所得（損失）合計數(shù)為正數(shù)時，可按順序彌補(bǔ)以前年度投資損失。這就說明彌補(bǔ)以前年度的投資損失是用應(yīng)稅所得彌補(bǔ)，而不是用當(dāng)年實現(xiàn)的免稅投資收益彌補(bǔ)。
例：某企業(yè)適用稅率為25%，2008年度主營業(yè)務(wù)利潤50萬元，同時有分得被投資企業(yè)的免稅股息投資收益30萬元，此外，當(dāng)年還有股權(quán)投資處置轉(zhuǎn)讓損失40萬元。如何計算應(yīng)納稅所得額？
應(yīng)納稅所得額＝會計利潤＋納稅調(diào)整增加項目－納稅調(diào)整減少項目＝（50＋30－40）一30＋（40－30）＝20萬
在附表11第15列的填報說明：納稅人因收回、轉(zhuǎn)讓或清算處置股權(quán)投資發(fā)生的股權(quán)投資損失，可以在稅前扣除，但在每一納稅的度扣除的股權(quán)投資損失，不得超過當(dāng)年實現(xiàn)的股權(quán)投資收益和投資轉(zhuǎn)讓所得，超過部分可按規(guī)定向以后年度結(jié)轉(zhuǎn)扣除。
例2某企業(yè)2005年有股權(quán)轉(zhuǎn)讓損失為20萬，2008年主營業(yè)務(wù)利潤為50萬，免稅股息性投資性收益30萬，如何計算應(yīng)納稅所得額？
應(yīng)納稅所得額＝會計利潤＋納稅調(diào)整增加項目－納稅調(diào)整減少項目＝(50＋30-20)－30＝30萬
應(yīng)納稅所得額=會計利潤±納稅調(diào)整項目金額
應(yīng)納稅額＝[（利潤總額±會計稅法差異產(chǎn)生納稅調(diào)整）－彌補(bǔ)虧損]×法定稅率－減免稅額－抵免稅額
與原1個主表14個附表的年度申報表相比，新申報表只有1個主表11個附表。（不含增加兩張收入明細(xì)表及兩張成本、支出明細(xì)表）
取消：原申報表中的《捐贈支出明細(xì)表》、《技術(shù)開發(fā)費加計扣除額明細(xì)表》、《工資薪金和工會經(jīng)費等三項經(jīng)費明細(xì)表》和《壞賬損失明細(xì)表》（《呆賬準(zhǔn)備計提明細(xì)表》、《保險準(zhǔn)備金提轉(zhuǎn)差納稅調(diào)整表》）。
增加：《以公允價值計量資產(chǎn)納稅調(diào)整表》、《資產(chǎn)減值準(zhǔn)備項目調(diào)整明細(xì)表》。在收入和成本明細(xì)表中增加了事業(yè)單位、社會團(tuán)體、民辦非企業(yè)單位的收入和支出明細(xì)表。
合并：《納稅調(diào)整增加項目明細(xì)表》和《納稅調(diào)整減少項目明細(xì)表》合并為《納稅調(diào)整項目明細(xì)表》
改變：《免稅所得及減免稅明細(xì)表》改為《稅收優(yōu)惠明細(xì)表》；《廣告費支出明細(xì)表》改為《廣告費和業(yè)務(wù)宣傳費跨年度納稅調(diào)整明細(xì)表》；《投資所得（損失）明細(xì)表》改為《長期股權(quán)投資所得（損失）明細(xì)表》；《稅前彌補(bǔ)虧損明細(xì)表》改為《企業(yè)所得稅彌補(bǔ)虧損明細(xì)表》；《境外所得稅抵扣計算明細(xì)表》改為《境外所得稅抵免計算明細(xì)表》；《資產(chǎn)折舊、攤銷明細(xì)表》改為《資產(chǎn)折舊、攤銷納稅調(diào)整明細(xì)表》。
保留：《收入明細(xì)表》、《成本費用明細(xì)表》。
金融企業(yè)收入明細(xì)表及事業(yè)單位、社會團(tuán)體、民辦非企業(yè)單位收入明細(xì)表；金融企業(yè)成本費用明細(xì)表及事業(yè)單位、社會團(tuán)體、民辦非企業(yè)單位支出明細(xì)表。
上述表格的變化主要是根據(jù)稅收政策的變化和簡化合并需要而改變的。
原申報表根據(jù)稅收政策，將免稅所得列入納稅調(diào)整后所得彌補(bǔ)虧損后減除，將減免所得稅額列入計算企業(yè)應(yīng)納所得稅額后減除，也就是說如果企業(yè)彌補(bǔ)虧損后，沒有所得額的話將不再計算減除，不能擴(kuò)大年度虧損額。
新申報表根據(jù)新所得稅法規(guī)定則將不征稅收入(來源附表一②，在第14行）、免稅收入、減計收入、減免稅項目所得、加計扣除和抵扣應(yīng)納稅所得額直接計入納稅調(diào)減項目，在“納稅調(diào)整后所得”之前扣除。這樣無論企業(yè)是否有利潤和所得，這些項目都可以在當(dāng)年作為稅前扣除，直接減少所得額或擴(kuò)大當(dāng)年度虧損。
在主表計算“納稅調(diào)整后所得”之前有一欄“加：境外應(yīng)稅所得彌補(bǔ)境內(nèi)虧損”。其填表說明中規(guī)定：依據(jù)《境外所得計征企業(yè)所得稅暫行管理辦法》的規(guī)定，納稅人在計算繳納企業(yè)所得稅時，其境外營業(yè)機(jī)構(gòu)的盈利可以彌補(bǔ)境內(nèi)營業(yè)機(jī)構(gòu)的虧損。即當(dāng)“利潤總額”，加“納稅調(diào)整增加額”減“納稅調(diào)整減少額”為負(fù)數(shù)時，該行填報企業(yè)境外應(yīng)稅所得用于彌補(bǔ)境內(nèi)虧損的部分，不得超過企業(yè)當(dāng)年的全部境外應(yīng)稅所得(來源附表6第7列）；如為正數(shù)時，如以前年度無虧損額，本行填零；如以前年度有虧損額，取應(yīng)彌補(bǔ)以前年度虧損額的值，不得超過企業(yè)當(dāng)年的全部境外應(yīng)稅所得。
而原企業(yè)所得稅法規(guī)定，企業(yè)境外業(yè)務(wù)之間的盈虧可以互相彌補(bǔ)，但企業(yè)境內(nèi)外之間的盈虧不得相互彌補(bǔ)。
稅法規(guī)定，納稅人因收回、轉(zhuǎn)讓或清算處置股權(quán)投資發(fā)生的股權(quán)投資損失，可以在稅前扣除，但在每一納稅年度扣除的股權(quán)投資損失，不得超過當(dāng)年實現(xiàn)的股權(quán)投資收益和投資轉(zhuǎn)讓所得，超過部分可按規(guī)定向以后年度結(jié)轉(zhuǎn)扣除。
但是對于投資損失如何扣除一直存在不同的看法，有的認(rèn)為投資損失要在投資收益和投資轉(zhuǎn)讓所得中扣除。這樣的話，免稅的投資收益就會由于彌補(bǔ)投資損失而實際得不到免稅，投資損失實際也沒有在稅前扣除。有的則認(rèn)為，投資損失應(yīng)該在應(yīng)稅所得中扣除，只要扣除數(shù)額不超過當(dāng)年實現(xiàn)的投資收益和投資轉(zhuǎn)讓所得即可。這樣的話，免稅投資收益才能真正的享受免稅。
新申報表對此仍然不甚明了，雖然規(guī)定免稅收入可以作為納稅調(diào)減項目，但如果稅務(wù)機(jī)關(guān)要求損失在免稅投資收益中扣除的話，損失部分仍可以作為納稅調(diào)增處理。
在“投資損失補(bǔ)充資料填報說明”反映投資轉(zhuǎn)讓損失歷年彌補(bǔ)情況的“本年度彌補(bǔ)金額”時說明：本年投資所得（損失）合計數(shù)為正數(shù)時，可按順序彌補(bǔ)以前年度投資損失。這就說明彌補(bǔ)以前年度的投資損失是用應(yīng)稅所得彌補(bǔ)，而不是用當(dāng)年實現(xiàn)的免稅投資收益彌補(bǔ)。
例：某企業(yè)適用稅率為25%，2008年度主營業(yè)務(wù)利潤50萬元，同時有分得被投資企業(yè)的免稅股息投資收益30萬元，此外，當(dāng)年還有股權(quán)投資處置轉(zhuǎn)讓損失40萬元。如何計算應(yīng)納稅所得額？
應(yīng)納稅所得額＝會計利潤＋納稅調(diào)整增加項目－納稅調(diào)整減少項目＝（50＋30－40）一30＋（40－30）＝20萬
在附表11第15列的填報說明：納稅人因收回、轉(zhuǎn)讓或清算處置股權(quán)投資發(fā)生的股權(quán)投資損失，可以在稅前扣除，但在每一納稅的度扣除的股權(quán)投資損失，不得超過當(dāng)年實現(xiàn)的股權(quán)投資收益和投資轉(zhuǎn)讓所得，超過部分可按規(guī)定向以后年度結(jié)轉(zhuǎn)扣除。
例2某企業(yè)2005年有股權(quán)轉(zhuǎn)讓損失為20萬，2008年主營業(yè)務(wù)利潤為50萬，免稅股息性投資性收益30萬，如何計算應(yīng)納稅所得額？
應(yīng)納稅所得額＝會計利潤＋納稅調(diào)整增加項目－納稅調(diào)整減少項目＝(50＋30-20)－30＝30萬